如何使用 ggplot2 获得带有连接点和配对 U 测试的完美“前后”图？

Question

我的数据如下所示：

mydata <- data.frame(ID = c(1, 2, 3, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13),          #patient ID
                    t1 = c(37, 66, 28, 60, 44, 24, 47, 44, 33, 47),    #evaluation before
                    t4 = c(33, 45, 27, 39, 24, 29, 24, 37, 27, 42),    #evaluation after
                    sexe = c(1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1))            #subset

我想做一个简单的前后图。

到目前为止，我设法得到了这个：

有了这个：

library(ggplot2)
ggplot(mydata) + 
  geom_segment(aes(x = 1, xend = 2, y = t1, yend = t4), size=0.6) +
  scale_x_discrete(name = "Intervention", breaks = c("1", "2"), labels = c("T1", "T4"), limits = c(1, 2)) +
  scale_y_continuous(name = "Var") + theme_bw()

我面临多个问题，你能帮我吗...

• 在每行的开头和结尾添加黑色圆圈？（geom_point()不起作用）
• 让线条更平滑（看看它们像素化程度如何，尤其是第二个）？
• 减少图表左侧和右侧的空白？
• 添加 T1 和 T4 的中位数（红色），链接这些点，将它们与配对曼惠特尼检验进行比较并在图表上打印 p 值？

我不想将我的数据库重新格式化为长格式，我有很多其他变量和时间点（此处未显示）。我读过其他帖子（例如此处），但提供的解决方案对于看似简单的事情来说看起来非常复杂（但我做不到......）。非常感谢您的帮助！

我将随着进展更新图表:)

编辑

我不想将数据库重新格式化为长格式，因为我有很多其他变量和时间点（此处未显示）...

Answer 1

这是我要做的！请随时询问有关此处发生的情况的问题。

library(tidyverse)

mydata <- data.frame(ID = c(1, 2, 3, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13),          #patient ID
                     t1 = c(37, 66, 28, 60, 44, 24, 47, 44, 33, 47),    #evaluation before
                     t4 = c(33, 45, 27, 39, 24, 29, 24, 37, 27, 42),    #evaluation after
                     sexe = c(1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1))      

pval <- wilcox.test(x = mydata$t1,y = mydata$t4, paired = T,exact = F)$p.value %>% round(2)

df <- mydata %>% 
  pivot_longer(2:3,names_to = "Time") %>% # Pivot into long-format
  mutate(sexe = as.factor(sexe),
         Time = as.factor(Time)) # Make factors 

ggplot(df,aes(Time,value,color = sexe,group = ID)) + 
  geom_point() + 
  geom_line() + 
  stat_summary(inherit.aes = F,aes(Time,value),
    geom = "point", fun = "median", col = "red", 
    size = 3, shape = 24,fill = "red"
  ) +
  annotate("text", x = 1.7, y = 60, label = paste('P-Value is',pval)) + 
  coord_cartesian(xlim = c(1.4,1.6)) +
  theme_bw()

另请注意，除了长格式数据之外，通常还存在一些随时间重复的变量。请参阅此处的示例：

mydata <- data.frame(ID = c(1, 2, 3, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13),          #patient ID
                     t1 = c(37, 66, 28, 60, 44, 24, 47, 44, 33, 47),    #evaluation before
                     t4 = c(33, 45, 27, 39, 24, 29, 24, 37, 27, 42),    #evaluation after
                     sexe = c(1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1),
                     var1 = c(1:10),
                     var2 = c(1:10),
                     var3 = c(1:10))


df <- mydata %>% 
  pivot_longer(2:3,names_to = "Time") %>% # Pivot into long-format
  mutate(sexe = as.factor(sexe),
         Time = as.factor(Time))