如何将 R conda env 连接到 jupyter notebook

Question

我正在使用以下代码创建 conda 环境

 conda create --prefix r_venv_conda r=3.3  r-essentials  r-base --y

然后我通过以下方式激活这个环境

 conda activate r_venv_conda/

然后我尝试运行 Jupyter Notebook（通过运行jupyter notebook运行 jupyter 希望能连接 R env。但是，我收到以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/bin/jupyter-notebook", line 7, in <module>
    from notebook.notebookapp import main
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/__init__.py", line 25, in <module>
    from .nbextensions import install_nbextension
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/nbextensions.py", line 26, in <module>
    from .config_manager import BaseJSONConfigManager
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/notebook/config_manager.py", line 14, in <module>
    from traitlets.config import LoggingConfigurable
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/traitlets/config/__init__.py", line 6, in <module>
    from .application import *
  File "/home/Documents/project/r_venv_conda/lib/python3.6/site-packages/traitlets/config/application.py", line 38, in <module>
    import api.helper.background.config_related
ModuleNotFoundError: No module named 'api'

我该如何解决这个问题？

Answer 1

Jupyter 不会自动识别 Conda 环境，无论是否激活。

内核模块

首先，对于作为内核运行的环境，它需要安装适当的内核包。在这种情况下，即r-irkernel，因此您需要运行

conda install -n r_venv_conda r-irkernel

对于 Python 内核，它是ipykernel.

内核注册

其次，内核需要在 Jupyter 中注册。如果你可以通过康达安装Jupyter（说在蟒蛇基地ENV），那么我建议您使用的nb_conda_kernels包装，使内核准备康达-ENVS的自动发现。这个必须安装在已经jupyter安装的环境中（你只需要一个！），例如，如果这是base，那么

conda install -n base nb_conda_kernels

请阅读文档了解详细信息。

如果您使用的是系统级安装的 Jupyter（即不是由 Conda 安装的），那么您需要手动注册您的内核。

conda activate r_venv_conda
Rscript -e 'IRkernel::installspec(name="ir33", displayname="R 3.3")'

您可以在其中为name和设置自己的值displayname。有关详细信息，请参阅 IRkernel。

运行 Jupyter

如果使用 Conda 安装的 Jupyter，同样，它只需要安装在单个 env 中。这是运行前应该激活的环境jupyter notebook。运行后，您可以选择要使用的内核。