在不引入依赖关系的情况下，在 R 包中定义 S3 方法的首选方法是什么？

Question

我有一个 R 包（目前不在 CRAN 上），它定义了来自其他包（特别是knitr::knit_print和huxtable::as_huxtable）的几个通用函数的 S3 方法。但是，它们不是我的包的关键部分，所以我不想在用户安装我的包时创建对这些包的依赖。在 R 4.0.0 之前，我导出了 S3 方法而不导入泛型。使用roxygen2，我的@export指令被翻译成export()NAMESPACE 中的指令而不是S3method(). 这在 R 版本 < 4.0.0 中运行良好，因为 R 首先在全局环境中查找匹配generic_function.class方法，而不是依赖于 S3 方法的正确注册。但是，根据developer.r-project.org 上的这篇博客，R 不再查找未注册的 S3 方法。

最好的方法是什么？现在，我已经@importFrom在roxygen2块中添加了指令，并将两个包都添加到了说明的导入部分。但是，据我所知，这意味着安装我的软件包的任何用户都必须安装knitr，huxtable无论他们是否愿意。

Answer 1

幸运的是，对于 R >= 3.6.0，您甚至不需要caldwellst 的答案。从您上面链接的博客条目中：

从 R 3.6.0 开始，NAMESPACE 中的 S3method() 指令也可用于执行延迟的 S3 方法注册。使用 S3method(PKG::GEN, CLS, FUN) 函数，仅当加载 PKG 的命名空间时，FUN 才会从包 PKG 中注册为类 CLS 和泛型 GEN 的 S3 方法。这可以用于处理不是“立即”需要该方法的情况，并且必须预加载 pkg 的命名空间（及其所有强依赖项）以执行立即注册被认为过于“昂贵”。

此外，这也在文档中针对以下其他建议进行了讨论vctrs::s3_register()：

#' For R 3.5.0 and later, `s3_register()` is also useful when demonstrating
#' class creation in a vignette, since method lookup no longer always involves
#' the lexical scope. For R 3.6.0 and later, you can achieve a similar effect
#' by using "delayed method registration", i.e. placing the following in your
#' `NAMESPACE` file:
#'
#' ```
#' if (getRversion() >= "3.6.0") {
#'   S3method(package::generic, class)
#' }

所以，你只需要简单地不使用@importFrom和替代@export，使用@exportS3Method package::generic（见https://github.com/r-lib/roxygen2/issues/796和https://github.com/r-lib/roxygen2/commit/ 843432ddc05bc2dabc9b5b22c1ae7de507a00508 )

插图

所以，为了说明，我们可以制作两个非常简单的包，foo和bar. 该包foo只有一个通用foo()函数和默认方法：

library(devtools)
create_package("foo")

#' foo generic
#'
#' @param x An object
#' @param ... Arguments passed to or from other methods
#' @export
foo <- function(x, ...) {
    UseMethod("foo", x)
}
#' foo default method
#'
#' @param x An object
#' @param ... Arguments passed to or from other methods
#' @export
foo.default <- function(x, ...) {
    print("Called default method for foo.")
}

在document()和install()ing 之后，我们创建bar：

create_package("bar")

它创建了一个bar方法foo()：

#' bar method for foo
#'
#' @param x A bar object
#' @param ... Arguments passed to or from other methods
#'
#' @exportS3Method foo::foo
foo.bar <- function(x, ...) {
    print("Called bar method for foo.")
}

重要的是，我们必须 加载在foo运行前，包document()，或@exportS3Method将无法正常工作。那是，

library(foo)
document()

但是，如果我们这样做，我们会在NAMESPACEfor 中得到以下内容bar：

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

S3method(foo::foo,bar)

我们必须手动添加foo到“建议”中DESCRIPTION。

然后如果我们卸载foo，我们仍然可以安装bar：

> remove.packages("foo")
Removing package from ‘/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install("bar")
?  checking for file ‘/home/jb/bar/DESCRIPTION’ ...
?  preparing ‘bar’:
?  checking DESCRIPTION meta-information ...
?  checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
?  checking for empty or unneeded directories
?  building ‘bar_0.0.0.9000.tar.gz’

Running /opt/R/4.0.0/lib/R/bin/R CMD INSTALL \
  /tmp/Rtmp5Xgwqf/bar_0.0.0.9000.tar.gz --install-tests 
* installing to library ‘/home/jb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0’
* installing *source* package ‘bar’ ...
** using staged installation
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (bar)