为什么Python的shutil.which()不工作？

Question

我正在尝试查看是否可以从 NCBI 的 BLAST 中shutil.which()查找命令。blastn在我的终端上运行which blastn会产生/usr/local/bin/blastn. 但是，如果我这样做shutil.which("blastn")，它只会返回None。搜索 Python 工作正常，shutil.which("python")返回/usr/bin/python。为什么会发生这种情况？

Answer 1

这意味着 shell 中的环境与 Python 运行时中的环境具有不同的 PATH。可能的原因有很多，但通常会发生这种情况，因为您的某些内容.bashrc附加到了 PATH，这在 shell 中可以看到，但 Python 中看不到。

检查shell环境：

$ echo $PATH

检查Python环境：

import os
print(os.environ["PATH"])

您可能会发现 shell 的环境在 PATH 中具有 的位置blastn，而 Python 的环境中没有。