在编写 R 包时，使用 flowCore::transform 函数，我可以使用变量名作为文本并获取实际值吗？

Question

我试图将一个参数传递给一个函数，它是一个字符串，但必须同时评估它的名称（符号？）和它的值（参见下面的示例）。到目前为止，我能够用来base::get获取实际值，但分配flowCore::'transform,flowSet-method'失败。我知道关于 SO 的许多问题都是关于将字符串评估为变量名，正如您将在下面看到的，我尝试了很多。我认为必须有一个rlang基于答案的答案，但我找不到任何解决方案，任何指针将不胜感激。

一个可重现的例子：

# load required packages -------------------------------------------------------
library(flowAI)   # Bioconductor
library(flowCore) # Bioconductor
library(rlang)
# load example data ------------------------------------------------------------
data(Bcells) # from flowAI
# reprex -----------------------------------------------------------------------
timeCh <- "Time" # this could be variable

x <- flowCore::transform(Bcells,`Time`=(`Time`-min(`Time`)))           # this works
y <- flowCore::transform(Bcells,`Time`=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) # still good
z <- flowCore::transform(Bcells,timeCh=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) # not good

虽然在上面的代码中，转换 forz将运行得很好，但实际上一个新列被添加到名为“timeCh”的 flowSet 中。这不是想要的效果，因为我想使用转换来专门更改现有的 column Time。因此，我一直在尝试一些策略来评估存储在 timeCh 中的字符串作为对象名称 (?) into transform，但无济于事：

timeSym <- sym("Time")
timequo <- quo(timeCh)

t1 <- flowCore::transform(Bcells,!!timeSym=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) 
# Error: unexpected '=' in "t1 <- flowCore::transform(Bcells,!!timeSym="
t2 <- flowCore::transform(Bcells,{{timeSym}}=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t2 <- flowCore::transform(Bcells,{{timeSym}}="
t3 <-  flowCore::transform(Bcells,eval(parse(text=timeCh))=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t3 <-  flowCore::transform(Bcells,eval(parse(text=timeCh))="
t4 <-  flowCore::transform(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh)))))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t5 <-  flowCore::transform(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh))),inherits = TRUE))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t6 <-  flowCore::transform(Bcells,with(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh))),inherits = TRUE)))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t7 <-  flowCore::transform(Bcells,as.name(timeCh)=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t7 <-  flowCore::transform(Bcells,as.name(timeCh)="
t8 <-  flowCore::transform(Bcells,UQ(timequo)=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t8 <-  flowCore::transform(Bcells,UQ(timequo)="
t9 <-  flowCore::transform(Bcells,(eval(quote(timeCh)))=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t9 <-  flowCore::transform(Bcells,(eval(quote(timeCh)))="

在我看来，范围界定是一个问题，但我真的很难解决它。

Answer 1

使用rlang表达式算术的一种可能方法：

# Compose the expression `Time = Time - min(Time)`
tfarg <- rlang::exprs( !!timeSym := !!timeSym - min(!!timeSym) )

# Compose the expression `flowCore::transform(Bcells, Time = Time - min(Time))`
xpr  <- rlang::expr( flowCore::transform(Bcells, !!!tfarg) )
xpr2 <- rlang::call2( flowCore::transform, Bcells, !!!tfarg )   # Alternative

# Evaluate the second expression
t1 <- eval(xpr)      # or t1 <- eval(xpr2)

# Compare to desired output
identical( summary(t1), summary(x) )  # TRUE

在上面，我们首先Time = Time - min(Time)使用quasiquotation创建表达式。将其视为替换!!timeSym为存储在内部的符号timeSym（即Time），同时:=用于使其在赋值的左侧工作。

然后我们flowCore::transform(Bcells, Time = Time - min(Time))通过将第一个表达式粘贴到flowCore::transform()函数调用中来创建第二个表达式。最后，我们对其进行评估并将结果与​​您想要的输出进行比较。

旁注：似乎最小时间值为零，因此您transform()实际上什么都不做。

Answer 2

看起来这个函数基本上是模仿base::transform及其非标准评估。这意味着我可以将其用作 MRE：

expectedresult <- transform(airquality, Ozone = Ozone - min(Ozone))

首先我们使用以下方法重写它do.call：

all.equal(
  do.call(transform, list(`_data` = airquality, Ozone = quote(Ozone - min(Ozone))))
  ,expectedresult)
#[1] TRUE

太好了，现在我们可以以编程方式设置列表名称并替换为引用的表达式：

varname <- "Ozone"
varsymbol <- as.name(varname)

all.equal(
  do.call(transform, 
          setNames(list(airquality, bquote(.(varsymbol) - min(.(varsymbol)))), 
                   c("_data", varname)))
  ,expectedresult)
#[1] TRUE

让我以一些建议结束：

如果代码中需要进行此类操作，请尽量避免依赖于非标准评估的便利函数。