如何调试MySQL上的锁定等待超时？

Question

在我的生产错误日志中,我偶尔会看到:

SQLSTATE [HY000]:常规错误:1205超出锁定等待超时; 尝试重新启动事务

我知道当时哪个查询正在尝试访问数据库,但有没有办法找出哪个查询在那个精确时刻有锁定？

Answer 1

给出这个的是交易这个词.该陈述显而易见,该查询试图改变一个或多个InnoDB表中的至少一行.

既然你知道了查询,那么所有被访问的表都是罪魁祸首的候选者.

从那里,你应该能够跑 SHOW ENGINE INNODB STATUS\G

您应该能够看到受影响的表格

您可以获得各种额外的锁定和互斥信息.

以下是我的一位客户的样本:

mysql> show engine innodb status\G
*************************** 1. row ***************************
  Type: InnoDB
  Name:
Status:
=====================================
110514 19:44:14 INNODB MONITOR OUTPUT
=====================================
Per second averages calculated from the last 4 seconds
----------
SEMAPHORES
----------
OS WAIT ARRAY INFO: reservation count 9014315, signal count 7805377
Mutex spin waits 0, rounds 11487096053, OS waits 7756855
RW-shared spins 722142, OS waits 211221; RW-excl spins 787046, OS waits 39353
------------------------
LATEST FOREIGN KEY ERROR
------------------------
110507 21:41:35 Transaction:
TRANSACTION 0 606162814, ACTIVE 0 sec, process no 29956, OS thread id 1223895360 updating or deleting, thread declared inside InnoDB 499
mysql tables in use 1, locked 1
14 lock struct(s), heap size 3024, 8 row lock(s), undo log entries 1
MySQL thread id 3686635, query id 124164167 10.64.89.145 viget updating
DELETE FROM file WHERE file_id in ('6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a450be5cc' )
Foreign key constraint fails for table `backoffice`.`attachment`:
,
  CONSTRAINT `attachment_ibfk_2` FOREIGN KEY (`file_id`) REFERENCES `file` (`file_id`)
Trying to delete or update in parent table, in index `PRIMARY` tuple:
DATA TUPLE: 17 fields;
 0: len 36; hex 36646261666133392d376630302d303030312d353166322d343132613435306265356363; asc 6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a450be5cc;; 1: len 6; hex 000024214f7e; asc   $!O~;; 2: len 7; hex 000000400217bc; asc    @   ;; 3: len 2; hex 03e9; asc   ;; 4: len 2; hex 03e8; asc   ;; 5: len 36; hex 65666635323863622d376630302d303030312d336632662d353239626433653361333032; asc eff528cb-7f00-0001-3f2f-529bd3e3a302;; 6: len 40; hex 36646234376337652d376630302d303030312d353166322d3431326132346664656366352e6d7033; asc 6db47c7e-7f00-0001-51f2-412a24fdecf5.mp3;; 7: len 21; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e6365; asc Angels Now Conference;; 8: len 34; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e6365204a756c7920392c2032303131; asc Angels Now Conference July 9, 2011;; 9: len 1; hex 80; asc  ;; 10: len 8; hex 8000124a5262bdf4; asc    JRb  ;; 11: len 8; hex 8000124a57669dc3; asc    JWf  ;; 12: SQL NULL; 13: len 5; hex 8000012200; asc    " ;; 14: len 1; hex 80; asc  ;; 15: len 2; hex 83e8; asc   ;; 16: len 4; hex 8000000a; asc     ;;

But in child table `backoffice`.`attachment`, in index `PRIMARY`, there is a record:
PHYSICAL RECORD: n_fields 6; compact format; info bits 0
 0: len 30; hex 36646261666133392d376630302d303030312d353166322d343132613435; asc 6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a45;...(truncated); 1: len 30; hex 38666164663561652d376630302d303030312d326436612d636164326361; asc 8fadf5ae-7f00-0001-2d6a-cad2ca;...(truncated); 2: len 6; hex 00002297b3ff; asc   "   ;; 3: len 7; hex 80000040070110; asc    @   ;; 4: len 2; hex 0000; asc   ;; 5: len 30; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e636520446f63756d656e74; asc Angels Now Conference Document;;

------------
TRANSACTIONS
------------
Trx id counter 0 620783814
Purge done for trx's n:o < 0 620783800 undo n:o < 0 0
History list length 35
LIST OF TRANSACTIONS FOR EACH SESSION:
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1192212800
MySQL thread id 5341758, query id 189708501 127.0.0.1 lwdba
show innodb status
---TRANSACTION 0 620783788, not started, process no 29956, OS thread id 1196472640
MySQL thread id 5341773, query id 189708353 10.64.89.143 viget
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1223895360
MySQL thread id 5341667, query id 189706152 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1227888960
MySQL thread id 5341556, query id 189699857 172.16.135.63 lwdba
---TRANSACTION 0 620781112, not started, process no 29956, OS thread id 1222297920
MySQL thread id 5341511, query id 189696265 10.64.89.143 viget
---TRANSACTION 0 620783736, not started, process no 29956, OS thread id 1229752640
MySQL thread id 5339005, query id 189707998 10.64.89.144 viget
---TRANSACTION 0 620783785, not started, process no 29956, OS thread id 1198602560
MySQL thread id 5337583, query id 189708349 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 620783469, not started, process no 29956, OS thread id 1224161600
MySQL thread id 5333500, query id 189708478 10.64.89.144 viget
---TRANSACTION 0 620781240, not started, process no 29956, OS thread id 1198336320
MySQL thread id 5324256, query id 189708493 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 617458223, not started, process no 29956, OS thread id 1195141440
MySQL thread id 736, query id 175038790 Has read all relay log; waiting for the slave I/O thread to update it
--------
FILE I/O
--------
I/O thread 0 state: waiting for i/o request (insert buffer thread)
I/O thread 1 state: waiting for i/o request (log thread)
I/O thread 2 state: waiting for i/o request (read thread)
I/O thread 3 state: waiting for i/o request (write thread)
Pending normal aio reads: 0, aio writes: 0,
 ibuf aio reads: 0, log i/o's: 0, sync i/o's: 0
Pending flushes (fsync) log: 0; buffer pool: 0
519878 OS file reads, 18962880 OS file writes, 13349046 OS fsyncs
0.00 reads/s, 0 avg bytes/read, 6.25 writes/s, 4.50 fsyncs/s
-------------------------------------
INSERT BUFFER AND ADAPTIVE HASH INDEX
-------------------------------------
Ibuf: size 1, free list len 1190, seg size 1192,
174800 inserts, 174800 merged recs, 54439 merges
Hash table size 35401603, node heap has 35160 buffer(s)
0.50 hash searches/s, 11.75 non-hash searches/s
---
LOG
---
Log sequence number 28 1235093534
Log flushed up to   28 1235093534
Last checkpoint at  28 1235091275
0 pending log writes, 0 pending chkp writes
12262564 log i/o's done, 3.25 log i/o's/second
----------------------
BUFFER POOL AND MEMORY
----------------------
Total memory allocated 18909316674; in additional pool allocated 1048576
Dictionary memory allocated 2019632
Buffer pool size   1048576
Free buffers       175763
Database pages     837653
Modified db pages  6
Pending reads 0
Pending writes: LRU 0, flush list 0, single page 0
Pages read 770138, created 108485, written 7795318
0.00 reads/s, 0.00 creates/s, 4.25 writes/s
Buffer pool hit rate 1000 / 1000
--------------
ROW OPERATIONS
--------------
0 queries inside InnoDB, 0 queries in queue
1 read views open inside InnoDB
Main thread process no. 29956, id 1185823040, state: sleeping
Number of rows inserted 6453767, updated 4602534, deleted 3638793, read 388349505551
0.25 inserts/s, 1.25 updates/s, 0.00 deletes/s, 2.75 reads/s
----------------------------
END OF INNODB MONITOR OUTPUT
============================

1 row in set, 1 warning (0.00 sec)

您应该考虑通过设置innodb_lock_wait_timeout来增加InnoDB的锁定等待超时值,默认为50秒

mysql> show variables like 'innodb_lock_wait_timeout';
+--------------------------+-------+
| Variable_name            | Value |
+--------------------------+-------+
| innodb_lock_wait_timeout | 50    |
+--------------------------+-------+
1 row in set (0.01 sec)

您可以/etc/my.cnf使用此行永久性地将其设置为更高的值

[mysqld]
innodb_lock_wait_timeout=120

并重启mysql.如果此时无法重启mysql,请运行以下命令:

SET GLOBAL innodb_lock_wait_timeout = 120; 

您也可以在会话期间设置它

SET innodb_lock_wait_timeout = 120; 

然后是您的查询

Answer 2

正如在有关此问题的众多SO线程之一中提到的那样:有时锁定表格的进程显示为在进程列表中睡眠!我正在撕扯我的头发,直到我杀死所有在相关数据库中打开的睡眠线程(当时没有一个是活跃的).最终解锁了表并让更新查询运行.

这位评论者说了一句类似于"有时一个MySQL线程锁定一个表,然后在等待与MySQL无关的事情发生时休眠."

在重新审核show engine innodb status日志之后(一旦我跟踪了负责锁定的客户端),我发现有问题的卡住线程列在事务列表的最底部,位于即将发生错误的活动查询下方由于冻结锁定:

------------------
---TRANSACTION 2744943820, ACTIVE 1154 sec(!!)
2 lock struct(s), heap size 376, 2 row lock(s), undo log entries 1
MySQL thread id 276558, OS thread handle 0x7f93762e7710, query id 59264109 [ip] [database] cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 2744943821, sees < 2744943821

(不确定"Trx读取视图"消息是否与冻结锁定相关,但与其他活动事务不同,此消息不会显示已发出的查询,而是声称事务处于"清理"状态,但具有多个行锁)

故事的寓意是,即使线程处于休眠状态,事务也可以处于活动状态.

Answer 3

由于MySQL的普及,难怪锁定等待超时; 尝试重启事务异常得到如此多的关注SO.

您拥有的争用越多,死锁的可能性就越大,数据库引擎将通过暂停其中一个死锁事务来解决这个问题.此外,已修改(例如UPDATE或DELETE)大量条目(如" 高性能Java持久性"一书中所述,它采用锁以避免脏写异常)的长时间运行事务更有可能与其他事务产生冲突.

虽然InnoDB MVCC,您仍然可以使用该FOR UPDATE子句请求显式锁.但是,与其他流行的数据库(Oracle,MSSQL,PostgreSQL,DB2)不同,MySQL 使用REPEATABLE_READ默认的隔离级别.

现在,您获取的锁(通过修改行或使用显式锁定)将在当前运行的事务期间保留.如果你想之间的差异的一个很好的解释REPEATABLE_READ,并READ COMMITTED在问候锁定,请阅读这篇文章的Percona.

在REPEATABLE READ中,在事务期间保持的每个锁都在事务期间保持.

在READ COMMITTED中,在STATEMENT完成后释放与扫描不匹配的锁.

...

这意味着在READ COMMITTED中,一旦UPDATE语句完成,其他事务可以自由更新它们无法更新的行(在REPEATABLE READ中).

隔离级别越严格(REPEATABLE_READ,SERIALIZABLE),死锁的可能性就越大.这不是一个"本身"的问题,这是一个权衡.

您可以获得非常好的结果READ_COMMITED,因为在使用跨越多个HTTP请求的逻辑事务时,您需要应用程序级丢失更新防护.在乐观锁定方法的目标丢失更新,如果你使用的是甚至可能发生SERIALIZABLE隔离级别,同时通过允许您使用减少了锁争用READ_COMMITED.

Answer 4

对于记录,锁定等待超时异常也会在发生死锁并且MySQL无法检测到它时发生,因此它只会超时.另一个原因可能是一个运行时间极长的查询,但更容易解决/修复,我不会在这里描述这种情况.

如果在两个事务中"正确"构造它们,MySQL通常能够处理死锁.然后,MySQL只会杀死/回滚拥有较少锁定的一个事务(不太重要,因为它会影响更少的行)并让另一个完成.

现在,让我们假设有两个进程A和B以及3个事务:

Process A Transaction 1: Locks X
Process B Transaction 2: Locks Y
Process A Transaction 3: Needs Y => Waits for Y
Process B Transaction 2: Needs X => Waits for X
Process A Transaction 1: Waits for Transaction 3 to finish

(see the last two paragraph below to specify the terms in more detail)

=> deadlock 

这是一个非常不幸的设置,因为MySQL无法看到存在死锁(跨越3个事务).那么MySQL所做的就是......什么都没有!它只是等待,因为它不知道该怎么做.它等待直到第一个获取的锁超过超时(进程A事务1:锁定X),然后这将解锁锁X,解锁事务2等.

艺术是找出导致第一个锁(锁定X)的(哪个查询).您将能够轻松地看到(show engine innodb status)事务3等待事务2,但您不会看到事务2正在等待哪个事务(事务1).MySQL不会打印任何与事务1相关联的锁或查询.唯一的提示是在事务列表的最底部(show engine innodb status打印输出),你会看到事务1显然什么都不做(但事实上等待事务3到完).

此处描述了如何查找哪个SQL查询导致为正在等待的给定事务授予锁(Lock X)的技术 Tracking MySQL query history in long running transactions

如果您想知道该示例中的流程和事务是什么.该过程是一个PHP过程.Transaction是innodb-trx-table定义的事务.在我的情况下,我有两个PHP进程,每个我手动启动一个事务.有趣的是,即使我在一个进程中启动了一个事务,MySQL实际上在内部使用了两个独立的事务(我不知道为什么,也许一些MySQL dev可以解释).

MySQL在内部管理自己的事务并决定(在我的情况下)使用两个事务来处理来自PHP进程的所有SQL请求(进程A).事务1等待事务3完成的声明是MySQL内部的事情.MySQL"知道"事务1和事务3实际上被实例化为一个"事务"请求的一部分(来自进程A).现在整个"交易"被阻止,因为交易3("交易"的子部分)被阻止了.因为"交易"无法完成交易1(也是"交易"的子部分)被标记为未完成.这就是我所说的"交易1等待交易3完成".

Answer 5

这是我最终必须做的事情才能弄清楚是什么“其他查询”导致了锁定超时问题。在应用程序代码中，我们在专用于此任务的单独线程上跟踪所有挂起的数据库调用。如果任何数据库调用花费的时间超过 N 秒（对我们来说是 30 秒），我们会记录：

-- Pending InnoDB transactions
SELECT * FROM information_schema.innodb_trx ORDER BY trx_started; 

-- Optionally, log what transaction holds what locks
SELECT * FROM information_schema.innodb_locks;

通过以上，我们能够查明锁定导致死锁的行的并发查询。就我而言，它们是类似于INSERT ... SELECT普通 SELECT 锁定底层行的语句。然后，您可以重新组织代码或使用不同的事务隔离，例如未提交读。

祝你好运！

Answer 6

这个例外的一个大问题是它通常在测试环境中不可重现,而且当它发生在prod上时我们不能运行innodb引擎状态.因此,在其中一个项目中,我将下面的代码放入了此异常的catch块中.这有助于我在发生异常时捕获引擎状态.这帮了很多忙.

Statement st = con.createStatement();
ResultSet rs =  st.executeQuery("SHOW ENGINE INNODB STATUS");
while(rs.next()){
    log.info(rs.getString(1));
    log.info(rs.getString(2));
    log.info(rs.getString(3));
}

Answer 7

看一下该pt-deadlock-logger实用程序的手册页:

brew install percona-toolkit
pt-deadlock-logger --ask-pass server_name

它从engine innodb status上面提到的信息中提取信息,也可以用来创建一个daemon每30秒运行一次的信息.

Answer 8

根据罗兰多上面的回答推断,正是这些阻止了你的疑问:

---TRANSACTION 0 620783788, not started, process no 29956, OS thread id 1196472640
MySQL thread id 5341773, query id 189708353 10.64.89.143 viget

如果您需要执行查询而不能等待其他人运行,请使用MySQL线程ID将其终止:

kill 5341773

^{(从mysql内部,而不是shell,显然)}

您必须从以下位置找到线程ID:

show engine innodb status\G

命令,并确定哪一个是阻塞数据库的那个.

Answer 9

您可以使用:

show full processlist

这将列出MySQL中的所有连接以及当前连接状态以及正在执行的查询.还有一个较短的变体show processlist;,它显示截断的查询以及连接统计信息.