Wol*_*fie 6 performance union matlab vectorization
我有一个数组S,它有一些独特的元素。我想从数组N中附加尚未在S.
一个语法简单的方法是:
S = union( S, N, 'stable' );
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我发现手动附加可以更快,使用ismember或隐式扩展:
% ismember approach
S = [S; N(~ismember(N,S))];
% imp. expansion approach
S = [S; N(~any(S(:)==N(:).',1))];
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但是,在循环内执行此操作仍然感觉很脏,并且隐式扩展对于大型输入而言可能会很昂贵。
有没有更高效的替代方案?
如果有帮助,我们可以假设S并N只包含整数。但是,我们不能假设它S是排序的,新元素从N可以是任何正整数。
最小的例子:
Ntest = [1 2 3 4
2 5 3 6
1 5 7 9];
S = [];
for ii = 1:3
N = Ntest(ii,:).';
S = union(S,N,'stable');
end
% S = [ 1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 9 ]
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在实际情况中,我不知道预先的潜在价值,N就像我做的那样Ntest上面。
下面是 4 种方法的一些基准测试代码,结果如下。就我而言,我可能会对 的不同值有一个大循环N,并且每个N. 这对应于此汇总表中最右侧的列,您可以在其中看到隐式扩展方法要快得多。
range(Ntest): 1 to 1e4 1 to 1e4 1 to 1e4 1 to 1e4
size(Ntest): [1e3,1e3] [1e4,1e3] [1e2,1e3] [1e2,1e4]
union: 0.972 sec 1.217 sec 0.779 sec 9.341 sec
ismember: 0.763 sec 0.559 sec 0.492 sec 5.439 sec
implicit: 6.966 sec too long! 0.295 sec 3.886 sec
setdiff: 0.599 sec 0.534 sec 0.477 sec 5.364 sec
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rng(0);
Ntest = randi([1,1e4],1e3,1e3);
f = @()f_union( Ntest );
fprintf( 'union: \t%.3f sec\n', timeit( f ) );
f = @()f_ismember( Ntest );
fprintf( 'ismember: \t%.3f sec\n', timeit( f ) );
f = @()f_implicit( Ntest );
fprintf( 'implicit: \t%.3f sec\n', timeit( f ) );
f = @()f_setdiff( Ntest );
fprintf( 'setdiff: \t%.3f sec\n', timeit( f ) );
function f_union( Ntest )
S = [];
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S = union(S,N,'stable');
end
end
function f_ismember( Ntest )
S = [];
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S = [S; N(~ismember(N,S))];
end
end
function f_implicit( Ntest )
S = [];
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S = [S; N(~any(S(:)==N(:).',1))];
end
end
function f_setdiff( Ntest )
S = [];
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S = [S;setdiff(N,S)];
end
end
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由于假设数据类型为正整数,因此您可以使用逻辑矩阵来存储整数的位置:
function f_logical( Ntest )
S = false;
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S(N) = true;
end
end
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如果元素范围很大并且数据稀疏,那么使用稀疏矩阵可能会有所帮助:
function f_sparse( Ntest )
S = sparse(false);
for ii = 1:size(Ntest,2)
N = Ntest(:,ii);
S(N) = true;
end
end
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ismember与Octave中的解决方案比较:
Elapsed time for <ismember> is 1.54181 seconds.
Elapsed time for <sparse> is 0.266474 seconds.
Elapsed time for <logical> is 0.0189412 seconds.
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