在Raku中每n行读取文本文件时需要建议

Question

我正在寻找一些有关如何在Raku / perl6中按第n个文件读取文本文件的建议。

在生物信息学研究中，有时我们需要以一种不太直接的方式来解析文本文件。例如Fastq文件，一次以4行为一组存储数据。甚至更多，这些Fastq文件成对出现。因此，如果我们需要解析此类文件，则可能需要执行以下操作：从第一个Fastq文件读取4行，从第二个Fastq文件读取4行，然后从第一个Fastq文件读取接下来的4行，然后读取第二个fastq文件中的下4行，......

关于解决此问题的最佳方法，我是否可以提出一些建议？Raku的“ IO.lines”方法似乎能够一次处理每一行。但不确定如何处理每第n行

一个示例fastq文件对：https : //github.com/wtwt5237/perl6-for-bioinformatics/tree/master/Come%20on%2C%20sister/fastq 我们之前对“ IO.lines”进行的尝试：https：// github.com/wtwt5237/perl6-for-bioinformatics/blob/master/Come%20on%2C%20sister/script/benchmark2.p6

Answer 1

读4号线从2个文件时间和它们加工成一个单一的东西，可以轻松完成zip和batch：

my @filenames = <file1 file2>;
for zip @filenames.map: *.IO.lines.batch(4) {
    # expect ((a,b,c,d),(e,f,g,h))
}

这将继续产生，直到至少一个文件被完全处理。一个替代方法batch是rotor：当两个文件完全填满4行时，它将继续进行。完成循环的其他方法是还使用来指定:partial标志rotor，并使用roundrobin代替zip。YMMV。

Answer 2

您可以使用该lines方法。Raku Sequence的很懒。这意味着对类似的表达式进行迭代"somefile".IO.lines只会将一行读入内存，而不会读取整个文件。为了进行后者，您需要将分配Sequence给Array。

该pairs方法可帮助您获取行的索引。结合除以运算符，%%我们可以编写

"somefile".IO.lines.pairs.grep({ .key && .key %% 4 }).map({ .value })

为了获得文件中第4行的顺序。