用R进行多重对应分析

Question

嗨，我的问题是技术性的（使用R）还是统计性的。我正在进行图像处理研究项目，因此需要执行MCA。由于我决定使用R进行回答，因此我之前发布了一个关于如何使用Java 多变量 Java 对应分析（MCA）来执行此操作的问题。在这里是：我有一个从提取的特征创建的列联表，该列具有形式：

            var1_1 var1_2 var1_3 var2_1 var2_2 var2_3 ... var18_1 var18_2 var18_3

个体1
个体2
个体3
个体4
...
个体

---

在每个单元格中，我有一个双精度值，表示介于0.0和1.0之间的归一化频率计数。我的最终目标是能够使用MCA在轴的不同组合上绘制每个个体。

我做了什么 ：

• 使用fdata <-read.table（“ filename.dat”）读取Java导出的矩阵文件
• 使用的mca_obj <-dudi.acm（fdata，scann = FALSE，nf = 3）这给出了一个错误，指出所有值都应该是一个因数（有人可以弄清楚它是什么意思）
• 因为我有很多变量，所以使用burt_data = acm.burt（fdata，fdata）来使用burt方法
• 那给了我一个我听不懂的大表（我尝试删除行名）

总结一下：我知道我已经非常接近寻找对我的数据执行MCA的正确方法，我只需要一些有关如何正确执行它的提示。谁能帮忙！

谢谢

Answer 1

编辑：

如果我理解正确，则您的数据不适合任何mca功能。您需要原始数据，而不是任何形式的归一化频率计数。MCA处理分类变量，而不是数字。您需要的是以下方面的数据：

              color   beak ...
individual1   red     big
individual2   red     small
individual3   blue    medium
individual4   green   small
...

如果归一化的频率确实是您的数据，则您具有数值数据，并且无法对此执行MCA。

A factor是R中的向量类型，可以看作是分类类型或枚举类型。如果您具有上述格式的数据，并且仍然有字符变量而不是因子变量，则可以将fdata转换为

fdata2 <- as.data.frame(lapply(fdata,as.factor))

您应该能够在dudi.acm()功能中使用这一功能。

关于Burt表：当然，这是巨大的。它是矩阵乘法X'X，其中X是因子的指标矩阵。这样就得到了一个表（实际上是一个数据框），其中的行名和列名形成为nameOfFactor.nameOfLevel。因此，如果您每5个级别有4个因子，那么您已经有一个20x20的矩阵。

您可以使用此知识来剖析Burt表，并获取有关某些感兴趣因素的信息。按照帮助文件中的示例，您可以执行以下操作：

require(ade4)
data(banque)
banque.acm <- dudi.acm(banque, scann = FALSE, nf = 3)
bb <- acm.burt(banque, banque)

idrow <- grepl("csp.",rownames(bb),fixed=T)
idcol <- grepl("duree.",names(bb),fixed=T)

> bb[idrow,idcol]
          duree.dm2 duree.d24 duree.d48 duree.d812 duree.dp12
csp.agric         3         6         6          3         11
csp.artis         7         3        15         13         10
csp.cadsu        13        19        32          9         30
csp.inter        12        14        19         25         32
csp.emplo        13        19        38         28         53
csp.ouvri        12        26        46         43         56
csp.retra         4         8         9          7         24
csp.inact        15        14        22         15         19
csp.etudi        12        23        20          1          1

它为您提供了Burt表中数据帧中的csp和duree因子。