Rmarkdown中的插入符doparallel：使用render（）时缺少详细信息

Question

我有以下简单的示例Rmarkdown文档（test.Rmd）：

---
title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

我有几种选择来运行此代码或编织文档

1. 在Rstudio中使用“运行所有块”
2. KnitRstudio中的使用按钮
3. Knit 与文件 render("test.Rmd")

发生以下情况

1. 没有信息在迭代中输出或控制台中打印
2. 信息打印在R markdown面板中
3. 控制台中未打印任何信息

在我正在处理的项目中，我希望knit文档具有不同的参数，因此我想使用最后一个选项。但是我也想看看模型拟合的进展。因此，我想使用选项3。

呈现文档时，如何获取打印在控制台中的迭代信息？

这是我想看到的预期输出：

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

Answer 1

这可能会产生您正在寻找的内容，改编自here，当您使用knit中的按钮时rstudio，它本质上会复制，这会产生来自 的详细信息train，但是使用此方法，您应该能够传递parameters到render。只需更改文件wd的路径即可rmd

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))