在 R 3.6 上为 ubuntu 仿生海狸安装 rJava 时出现“无法运行简单的 JNI 程序”错误消息

Question

我有一个非常常见的问题，即 rJava 无法在 Ubuntu 上正确安装。此问题已在此处、此处、此处等多个地方讨论过。

基本问题是，在安装rJava包时，产生以下错误信息

configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’

这个问题有各种密切相关的解决方案。它们中的大多数sudo R CMD javareconf用于为 R 配置 Java（也是一个-e变体）。有些人建议JAVA_HOME在环境变量中设置路径（其他人说不要）。其他人建议卸载并重新安装 R，而其他人建议从 cran 安装 rJava。有几个人推荐update alternatives。这些解决方案还有其他变体。

我已经尝试了上述所有方法的组合，但一无所获，所以我显然做错了什么。

输入echo $JAVA_HOME回报

/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64

我的 etc/environment 看起来像这样

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$
MKL_THREADING_LAYER=GNU
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"

当我运行 R CMD javaconf 时，它看起来像这样

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java
Java version     : 11.0.4
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我做错了什么，如何正确安装 rJava？

编辑：

使用sudo apt-get install r-cran-rjava我知道成功安装 rJava 后 会出现以下错误

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Answer 1

我已经调查过原始海报（我们在同一个地方工作），问题是在 OpenJDK11 中，他们移动.so了 JVM 所在的一些文件，特别libjvm.so是 Ubuntu 包中的/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/.

这意味着即使你安装了 rJava 的 Ubuntu 包，apt install r-cran-rjava当你尝试library(rJava).

解决方案是通过添加以下内容/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/来$LD_LIBRARY_PATH添加：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH

到您的末尾~/.bashrc并开始一个新的 shell（或source ~/.bashrc）。

这是我们必须为 OpenJDK 的中央安装修复的问题，例如：https : //github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46

如果要使用从 Gnome 启动的 Rstudio 进行此操作，则需要将该目录添加到ldconfig.

As root（或 with sudo）创建一个文件/etc/ld.so.conf.d/，您应该在其中调用带有.conf扩展名的内容，例如java.conf包含以下行：

/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server

然后作为root运行

ldconfig -v

这应该将目录添加到通过 GNOME 搜索启动的可执行文件的位置。问题的这一特定部分（GNOME 忽略 中的设置bashrc）在 Ubuntu 中一直是一个问题，至少从 9.04 开始（https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/）。