Rcpp：无法打开共享对象文件

Question

我试图开发的R包，它利用了Arrayfire，感谢RCPP库。我已经开始编写一个示例代码（让我们将其命名为hello_world.cpp），如下所示：

#include <arrayfire.h>

// [[Rcpp::export]]
bool test_array_fire(){
    af::randu(1, 4);    
    return true;
}

然后，我尝试使用sourceCpp函数编译它

Rcpp::sourceCpp('src/hello_world.cpp')

我的第一个惊喜是我必须手动设置一些标志（在编译一段 C++ 代码时sourceCpp似乎忽略了Makevars配置）。我是这样做的：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11")
Sys.setenv("PKG_CPPFLAGS"="-I/opt/arrayfire/include/")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/opt/arrayfire/lib64/ -laf")

但是，代码仍然无法正确编译。每次试验都以以下输出结束：

Error in 'dyn.load("/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so")':
unable to load shared object '/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so':
  libaf.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

不幸的是，我无法为我的问题找到解决方案（即使某些 Stack Overflow 问题引发了乍一看或多或少相似的问题）。

我该如何解决？

Answer 1

当 R 尝试加载共享对象文件时，该错误发生在过程中的很晚。这意味着在您设置的环境变量的帮助下，编译和链接工作正常。但是在最后一步中，运行时链接器不知道libaf.so.3位于何处。这是一种通常在操作系统级别进行的配置，例如在我的系统上

ralf@barra:~$ /sbin/ldconfig -p | grep libaf
        libafopencl.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so.3
        libafopencl.so (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so
        libafcpu.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so.3
        libafcpu.so (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so
        libaf.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so.3
        libaf.so (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so

如果我尝试你的例子，它与链接到的共享对象文件没有问题libaf：

ralf@barra:~$ ldd /tmp/RtmpcjY9dN/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_13d33790279c/sourceCpp_7.so | grep libaf
        libaf.so.3 => /lib/libaf.so.3 (0x00007f21037ed000)

我希望在您的情况下，第一个命令不会提供任何结果，第二个（调整后的）命令将导致“找不到文件”（？）错误。

有几种方法可以告诉运行时链接器有关库位置的信息：

• 编辑/etc/ld.so.conf或（更好）将文件放在 中/etc/ld.so.conf.d/，参见http://arrayfire.org/docs/installing.htm#Linux。
• 设置LD_LIBRARY_PATH。
• 添加-Wl,-rpath,/opt/arrayfire/lib64/到PKG_LIBS
• 将 ArrayFire 安装到链接器默认搜索的目录中。这就是我所做的，因为我从源代码编译并使用生成的 DEB 包。

至于Rcpp::sourceCpp不尊重Makevars文件：问题是你写的C++文件不能直接使用。相反，Rcpp 属性必须创建额外的包装函数，这是在临时目录中完成的。现在原则上也可以将Makevars文件复制到该目录中。但是，通常在Rcpp::plugins和Rcpp::depends属性的帮助下设置此类变量。例如，使用// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]. 对于其他变量，您可以编写自己的插件，也可以编写我的RcppArrayFire提供的插件。

但是，如果这是您的目标，我建议您从一个包开始。Rcpp::sourceCpp在很多方面都很棒，但是在没有 R 包帮助的情况下与系统安装的库接口不是其中之一。