R 中的自举相关

Question

我正在尝试在 R 中进行引导相关性。我有两个变量 Var1 和 Var2，我想获得 Pearson 相关性的引导 p.value。

my variables look like this:
      x            y
1   .6080522    1.707642
2   1.4307273   1.772616
3   0.8226198   1.768537
4   1.7714221   1.265276
5   1.5986213   1.855719
6   1.0000000   1.606106
7   1.1678940   1.671457
8   0.6630012   1.608428
9   1.0842423   1.670619
10  0.5592512   1.107783
11  1.6442616   1.492832
12  0.8326965   1.643923
13  1.1696954   1.763181
14  0.7484543   1.762921
15  1.0842423   1.591566
16  0.9014748   1.718669
17  0.7604917   1.782863
18  0.8566499   1.796216
19  1.4307273   1.913675
20  1.7579695   1.903155

到目前为止我有这个：

data = as.data.frame(data)
x = data$Var1
y = data$Var2
dat = data.frame(x,y)

library(boot)
set.seed(1)
bootCorTest3 <- function(data, i){
  d <- data[i, ]
  results  <- cor.test(d$x, d$y, method='pearson')
  c(est = results$estimate, stat = results$statistic, param = results$parameter, p.value = results$p.value, CI = results$conf.int)
}


b3 <- boot(dat, bootCorTest3, R = 1000)
b3

# Original (non-bootstrap) statistics with label
b3$t0
colMeans(b3$t)
boot.ci(b3, type = c("norm", "basic", "perc", "bca")) #bootstrapped CI. 

自举 p 值应该是我用 colMeans(b3$t) 得到的值，对吧？

colMeans(b3$t) 给了我这个：

est.cor      stat.t    param.df     p.value         CI1         CI2
 0.28495324  2.13981008 48.00000000  0.14418623  0.01438146  0.51726022

似乎一切都运转良好。问题是我在不同的软件上运行相同的统计数据，结果有很大不同。我在这里得到的 p 值比另一个高得多。我认为我在这里可能做错了什么，因为我在 R 方面不强。

有人可以给我一些关于这段代码的反馈吗？难道我做错了什么？你能得到 Pearson 相关性的引导 p.value 吗？

感谢您的时间。

Answer 1

如果您想引导相关性测试，只需从引导统计函数返回相关系数即可。在这种情况下，引导相关性测试的 p 值是不合适的，因为您忽略了相关性测试的方向性。

在 CrossValidated 上检查此问题，了解有关执行引导假设检验的一些不错的答案：https://stats.stackexchange.com/questions/20701/computing-p-value-using-bootstrap-with-r

library("boot")
data <- read.csv("~/Documents/stack/tmp.csv", header = FALSE)
colnames(data) <- c("x", "y")

data <- as.data.frame(data)
x <- data$Var1
y <- data$Var2
dat <- data.frame(x,y)

set.seed(1)

b3 <- boot(data, 
  statistic = function(data, i) {
    cor(data[i, "x"], data[i, "y"], method='pearson')
  },
  R = 1000
)
b3
#> 
#> ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP
#> 
#> 
#> Call:
#> boot(data = data, statistic = function(data, i) {
#>     cor(data[i, "x"], data[i, "y"], method = "pearson")
#> }, R = 1000)
#> 
#> 
#> Bootstrap Statistics :
#>      original        bias    std. error
#> t1* 0.1279691 -0.0004316781    0.314056
boot.ci(b3, type = c("norm", "basic", "perc", "bca")) #bootstrapped CI. 
#> BOOTSTRAP CONFIDENCE INTERVAL CALCULATIONS
#> Based on 1000 bootstrap replicates
#> 
#> CALL : 
#> boot.ci(boot.out = b3, type = c("norm", "basic", "perc", "bca"))
#> 
#> Intervals : 
#> Level      Normal              Basic         
#> 95%   (-0.4871,  0.7439 )   (-0.4216,  0.7784 )  
#> 
#> Level     Percentile            BCa          
#> 95%   (-0.5225,  0.6775 )   (-0.5559,  0.6484 )  
#> Calculations and Intervals on Original Scale

plot(density(b3$t))
abline(v = 0, lty = "dashed", col = "grey60")

在这种情况下，如果没有 p 值，则可以非常肯定地说，抽样分布的大部分质量非常接近于零。