如何使用 golem 在 Flexdashboard 包装器中制作 dockerized Shiny 应用程序？

Question

是否可以使用 Flexdashboard 作为 Open Analytics golem 包的一个包来制作一个闪亮的应用程序？之后可以dockerize吗？flexdashboard .Rmd 文件的工作流程如何？

到目前为止我的 Dockerfile

FROM rocker/shiny-verse:latest 

MAINTAINER Tim M.Schendzielorz "tim.schendzielorz@googlemail.com"

# Install dependencies 

RUN  echo 'install.packages(c("dplyr","dbplyr","DBI","DT","plotly","flexdashboard","lubridate"), \
        repos="http://cran.us.r-project.org", \
        dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \
        && Rscript /tmp/packages.R


# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /usr/bin/shiny-server.conf
COPY shiny-server.sh  /usr/bin/shiny-server.sh

COPY flexdashboard.Rmd /usr/bin/flexdashboard.Rmd   

# make all app files readable (solves issue when dev in Windows, but building in Ubuntu)
RUN chmod -R 755 /usr/bin

# Add shiny user
RUN groupadd  user \
&& useradd --gid user --shell /bin/bash --create-home user

EXPOSE 3838



CMD ["R", "-e rmarkdown::run('/usr/bin/flexdashboard.Rmd')"]

我是 Docker 新手，似乎我需要将命令添加到应用程序规范中的 rmarkdown::run ，如此处所述：使用 Flexdashboard 部署 Shiny 应用程序 并使用标准 shell 命令启动闪亮服务器？谢谢文森特提供的docktorrent，现在就试试吧！

Answer 1

顺便说明一下，{golem}它不是开放分析包。

要回答“我们可以用 golem 部署 flexdashboard 吗”，是的：

实现您想要做的事情的最佳方法是将您的 Rmd 放入其中inst/，然后进行修改run_app：

run_app <- function(...) {
  rmarkdown::run(
    system.file("md.Rmd", package = "mypackage")
  )
}

请注意，对于 Docker，如果您需要内部的函数，则必须library(mypackage)在 Rmd 的顶部添加mypackage。

这样，您就可以使用 mypackage::run_app() 函数作为 Docker 文件的 CMD。

另请注意，它{golem}附带一个add_dockerfile()功能，该功能将捆绑安装应用程序所需的所有内容。但这不会将闪亮的服务器捆绑在其中。

请参阅： https: //rtask.thinkr.fr/shinyapp-runapp-shinyappdir-difference/，特别是名为 RSTUDIO 产品 2/2：设置闪亮服务器进行测试的部分，以获取 Dockerfile 设置 golem 应用程序 + 闪亮的示例服务器。

科林