使用snakemake中的expand()函数多次执行一个shell命令

Question

我想在snakemake的帮助下对不同的输入文件多次执行R脚本。为此，我尝试使用 expand 函数。

我对snakemake比较陌生，当我正确理解它时，扩展功能为我提供了例如多个输入文件，然后所有输入文件都可以通过{input}.

是否可以对文件一一调用shell命令？

假设我在 config.yaml 中有这个定义：

types:
    - "A"
    - "B" 

这将是我的示例规则：

rule manual_groups:
    input:
        expand("chip_{type}.bed",type=config["types"])
    output:
        expand("data/p_chip_{type}.model",type=config["types"])
    shell:
        "Rscript scripts/pre_process.R {input}"

这将导致命令：

Rscript scripts/pre_process.R chip_A.bed chip_B.bed

是否可以使用如下两种类型独立调用命令两次：

Rscript scripts/pre_process.R chip_A.bed
Rscript scripts/pre_process.R chip_B.bed

提前感谢您的任何帮助！

Answer 1

定义最终的目标文件中rule all，然后只需使用适当的通配符（即type在规则）manual_groups。这将rule manual_groups针对 中列出的每个输出文件单独运行rule all。

rule all:
    input:
        expand("data/p_chip_{type}.model",type=config["types"])


rule manual_groups:
    input:
        "chip_{type}.bed"
    output:
        "data/p_chip_{type}.model"
    shell:
        "Rscript scripts/pre_process.R {input}"

PS-type由于与 Python 的类型方法潜在冲突，您可能想要更改通配符术语。