R Markdown：无法访问通过 Conda/Anaconda 安装的 Bash 命令

Question

我正在探索一些生物信息学数据，我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来进行分析。

问题是我要使用的命令已安装conda到我的 conda 环境中。该工具是bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：

#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```

/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found

而如果我从终端运行，我会得到输出（使用名为“binfo”的 conda 环境）：

> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10   78484538    .   A   C   .   PASS    DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0   0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12   4333138 .   G   T   .   PASS    DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921   GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0    0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15   75086860    .   C   T   .   PASS    DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0   0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)

那么，如何从 R 笔记本/Rmarkdown bash 代码块访问使用 conda/在我的 conda 环境中安装的工具？我搜索了很conda长时间，找不到任何人谈论在 Rmarkdown 中的 shell 块中运行命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢用于探索性分析的 R 笔记本格式。

Answer 1

将参数传递给引擎

如果您的 Conda正确配置为在 bash 中工作，那么您可以使用engine.opts告诉 bash 在登录模式下启动（即，源您的.bash_profile(Mac) 或.bashrc(Linux)）：

猛击

```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

zsh

如果使用zsh（例如，Mac OS 10.15 Catalina 用户），那么交互式标志--interactive|-i就是您想要的（来源：@Leo）。

```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

同样，这假设您之前运行conda init zsh过设置 Conda 以使用 shell。

关于再现性的说明

由于可重复性通常是科学工作中的一个问题，我将补充说您可能想要做一些事情来捕获您的 Conda 环境的状态。例如，如果您在版本控制中工作，则提交conda env export > environment.yaml. 另一种选择是直接在 Rmd 的末尾输出该信息，就像通常使用sessionInfo(). 那是，

```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

其中comment=NA是使输出可以干净地从所呈现的版本复制。