rstudio-服务器错误：/bin/sh：x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc：找不到命令

Question

安装 R 软件包时，rstudio-server 出现“/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: command not found”失败

我几乎尝试了所有方法来处理这个错误。我成功安装了依赖工具，例如（使用conda）：

conda install gcc_linux-64 
conda install gxx_linux-64
conda install gfortran_linux-64

或者我已将 conda 路径添加到 $PATH 中：

which conda
#/usr/softwares/conda/location/bin/conda

$PATH
#-bash: /usr/softwares/sratoolkit/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64/bin:/usr/softwares/conda/location/envs/bioinf/bin:/usr/softwares/conda/location/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/home/huangwb8/.aspera/connect/bin:/usr/lib/rstudio-server/bin: No such file or directory

没有什么可以帮助。因为我在shell R或者纯R环境下都可以正常安装R包，只有在使用rstudio-server时才会出现故障。我认为我的 rstudio-server 有问题。但我不知道如何处理。寻求帮助！

Answer 1

我在使用 conda R 在 Rstudio 服务器内安装软件包时也遇到了这种情况。当我在 shell R 或纯 R 环境中正常安装 R 软件包时，我注意到了编译命令。

x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -I"/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/lib/R/include" -DNDEBUG   -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2  -I/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/include -Wl,-rpath-link,/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/lib -Iutf8lite/src -fpic  -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -I/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1/include -fdebug-prefix-map=/tmp/build/80754af9/r-base_1570124924484/work=/usr/local/src/conda/r-base-3.6.1 -fdebug-prefix-map=/app/sys/miniconda3/envs/R-3.6.1=/usr/local/src/conda-prefix  -c utf8lite/src/escape.c -o utf8lite/src/escape.o

在我看来，编译过程只是使用 conda 环境中的编译器。对于Rstudio-server内的安装，编译过程找不到其指定的编译器（仅存在系统默认编译器）。所以我的建议是：

• 在 conda 环境中的 shell R 中安装 R 软件包。（尝试过并且有效）
• 找到“x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc”的路径并将其添加到默认路径（如 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile）中，这样您的安装就会找到编译器。（我还没试过，也许有用）