如何将Shiny应用程序中的表格和绘图作为参数传递给R Markdown？
shi*_*iny 5 r r-markdown shiny reactive
在此 Shiny 应用程序中，用户可以上传 .csv 文件，以表格和绘图的形式获取结果。我希望能够将结果下载为 PDF 文档。
输入文件
#I created the input .csv file to be used in the app from diamonds data.frame
library(ggplot2)
df <- diamonds[1:5000, ]
head(df)
write.csv(df, "df.csv")
应用程序
library(tidyverse)
library(shiny)
library(rmarkdown)
library(knitr)
ui <- fluidPage(
sidebarLayout(
sidebarPanel(fileInput("file","Upload your file"),
width =2),
mainPanel(
width = 10,
downloadButton("report", "Download report"),
tableOutput("table"),
tags$br(),
tags$hr(),
plotOutput("plot1"),
tags$br(),
tags$hr(),
plotOutput("plot2")
)
)
)
server <- function(input,output){
data <- reactive({
file1 <- input$file
if(is.null(file1)){return()}
read.csv(file1$datapath, header=TRUE, sep=',')
})
output$table <- renderTable({
if (is.null(data())) { return() }
df <- data() %>%
dplyr::select(cut, color, price) %>%
dplyr::group_by(cut, color) %>%
dplyr::summarise_all(funs(min(.), mean(.), median(.),max(.),sd(.), n() ))
})
table_rmd <- reactive({
df <- data() %>%
dplyr::select(cut, color, price) %>%
dplyr::group_by(cut, color) %>%
dplyr::summarise_all(funs(min(.), mean(.), median(.),max(.),sd(.), n() ))
})
output$plot1 <- renderPlot({
if (is.null(data())) { return() }
ggplot(data(), aes (x =carat, y = price, col = color))+
geom_point()+
facet_wrap(~cut)
}
)
plot_rmd <- reactive({
chart <- ggplot(data(), aes (x =carat, y = price, col = color))+
geom_point()+
facet_wrap(~cut)
chart
}
)
#https://shiny.rstudio.com/articles/generating-reports.html
output$report <- downloadHandler(
filename = "report.pdf",
content = function(file) {
tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)
params <- list(table1 = table_rmd(),
plot1 = plot_rmd())
rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
params = params,
envir = new.env(parent = globalenv())
)
}
)
}
shinyApp(ui=ui, server = server)
报告.Rmd
---
title: "Dynamic report"
output: pdf_document
params:
table1: NA
plot1: NA
---
This is the firs plot
```{r}
params$plot1
```
This is the first table
```{r}
kable(params$table1)
```
我尝试了不同的方法将表格和绘图从 Shiny 作为参数传递给 R Markdown，但没有成功。
我将非常感谢您解决此问题的建议。
更新
我已经尝试过 @BigDataScientist 的答案，但收到此错误
“C：/ Program Files / RStudio / bin / pandoc / pandoc”+ RTS -K512m -RTS report.utf8.md --to Latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output pandoc20e043232760.tex --template “ C:\PROGRA~1\R\R-35~1.2\library\RMARKD~1\rmd\latex\DEFAUL~3.TEX" --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variablegraphics=yes - -变量“geometry：margin = 1in”--variable“compact-title：yes”警告：错误：无法编译C：\ Users \ user \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpYvWn8M \ file20e042326267.tex。请参阅https://yihui.name/tinytex/r/#debugging了解调试技巧。[没有可用的堆栈跟踪]
这里是sessionInfo()
> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_New Zealand.1252 LC_CTYPE=English_New Zealand.1252 LC_MONETARY=English_New Zealand.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_New Zealand.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2.2 forcats_0.3.0 stringr_1.4.0 dplyr_0.7.8 purrr_0.2.5 readr_1.3.1 tidyr_0.8.2 tibble_2.0.1 tidyverse_1.2.1 ggplot2_3.1.0
[11] shiny_1.2.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tinytex_0.15.2 tidyselect_0.2.5 xfun_0.9 haven_2.0.0 lattice_0.20-38 colorspace_1.4-0 generics_0.0.2 htmltools_0.3.6 yaml_2.2.0
[10] utf8_1.1.4 rlang_0.4.0 later_0.8.0 pillar_1.3.1 glue_1.3.0 withr_2.1.2 readxl_1.2.0 modelr_0.1.2 bindr_0.1.1
[19] plyr_1.8.4 cellranger_1.1.0 munsell_0.5.0 gtable_0.2.0 rvest_0.3.2 evaluate_0.12 labeling_0.3 knitr_1.21 httpuv_1.4.5.1
[28] fansi_0.4.0 broom_0.5.1 Rcpp_1.0.0 xtable_1.8-3 promises_1.0.1 scales_1.0.0 backports_1.1.3 jsonlite_1.6 mime_0.6
[37] hms_0.4.2 digest_0.6.18 stringi_1.2.4 grid_3.5.2 cli_1.0.1 tools_3.5.2 magrittr_1.5 lazyeval_0.2.1 crayon_1.3.4
[46] pkgconfig_2.0.2 xml2_1.2.0 rsconnect_0.8.13 lubridate_1.7.4 assertthat_0.2.0 rmarkdown_1.11 httr_1.4.0 rstudioapi_0.9.0 R6_2.3.0
[55] nlme_3.1-137 compiler_3.5.2
您可以将 R 对象作为params列表的一部分传递给参数化的Rmd. 这是常规交互会话中的示例（无 Shiny）。report.Rmd与问题中的相同。由某些脚本生成df并在您的环境中可用。然后你可以将它们包装起来并将它们传递给.plRlistparamsrender
library(rmarkdown)
library(ggplot2)
df <- head(iris)
pl <- ggplot(iris, aes(x = Sepal.Width)) + geom_histogram(color = "white")
render(
input = "report.Rmd",
params = list("table1" = df, "plot1" = pl),
output_file = "rendered-from-session.pdf"
)
的屏幕截图rendered-from-session.pdf
这是否是一个好的策略是另一个问题。app如果制作表格和绘图的代码与和相同Rmd，那么最好将其放在由app和来源的单独脚本中Rmd。这样，当您想要更改表格/绘图代码时，您只需编辑一个文档。在这种情况下，您可以将参数传递给绘图函数而不是绘图本身。这样做的缺点是，如果您有许多不同的图，需要跟踪许多不同的参数。或者，如果计算/绘图需要很长时间，那么您不想重复两次。
回到你的闪亮应用程序。事实上，您的应用程序代码也适用于我，就像通过 Shiny 一样。我可以制作pdf（即使table_rmd()reactive没有明确返回df）。所以很可能是 pandoc 或 Latex 没有弄清楚临时文件/文件夹在哪里的问题。由于您仍在测试，我会尝试保存到已知位置而不是临时目录，以查看这是否不是某种权限问题。
您可以像这样修改您的处理程序。删除对 的调用并提供对tempdir的完整路径。您还可以尝试给出 的完整路径。第一种情况应该可以正常工作。在第二种情况下（而不是传递给），浏览器可能会给您一个错误，但 pdf 仍应使用您提供的文件名在后台呈现。report.Rmdrenderoutput_file"PATH/TO/OUTPUT"fileoutput_filedownload
output$report <- downloadHandler(
filename = "report.pdf",
content = function(file) {
# tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
# file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)
params <- list(table1 = table_rmd(),
plot1 = plot_rmd())
rmarkdown::render(input = "PATH/TO/report.Rmd",
output_file = file,
params = params,
envir = new.env(parent = globalenv())
)
}
)
这至少可以确认您的代码正在运行，除了这些tempdir()东西。如果您有选择，请在 Linux 计算机或 Mac 上尝试您的应用程序。