“mpirun”调用的 Bash 脚本调用另一个 MPI 可执行文件并崩溃，退出代码为 13

Question

我有两个可执行文件：prog1和prog2.

这些可执行文件读取输入数据，然后对其进行一些计算。根据输入数据的“类型”，必须使用prog1或。prog2

我想为只需要调用 的用户简化这一点prog，这是一个 shell 脚本，

1. 检查数据（通过运行prog1），
2. 运行prog1或prog2与exec.

对于串行程序（无 MPI），这种方法效果很好。对于 MPI，我想prog使用mpirun -n 2 prog. 然后，两个进程调用 shell 脚本。如果步骤 (1) 涉及运行另一个 MPI 可执行文件，则此操作会失败。

一个简单的解决方案是编译prog1（用于步骤 1）的串行版本并使用此版本。然而，如果我可以使用已有的 MPI 可执行文件，那么对我来说会简单得多。

下面，我给出一个非常简单的测试用例。

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我在互联网上发现了类似的问题，但没有一个真正对我有帮助。

最接近的一个来自英特尔论坛： https://software.intel.com/en-us/forums/intel-clusters-and-hpc-technology/topic/754976 （不幸的是没有回复）

这是一个最小的 MPI 程序 ( run.f90)：

program run

use mpi

implicit none

integer::num_process,rank,ierr;

call MPI_Init(ierr);
call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank,ierr);
call MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, num_process,ierr);

write(*,*) 'I am',rank

call MPI_Finalize(ierr);

end program

这是一个简单的串行程序 ( simple.f90)

program test
implicit none
write(*,*) 'hello'
end

这是一个简单的 shell 脚本 ( )，它首先从orscript.sh获取一些数据，然后执行simplerunrun

#!/bin/sh
#data=`simple` # this works
data=`run` # this does not work
echo "exec run..."
exec run

汇编：

mpiifort run.f90 -o run
mpiifort simple.f90 -o simple

跑过script.sh，匆匆处理mpirun：

该命令mpirun -n 2 script.sh失败并显示

exec run...
exec run...

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   PID 21258 RUNNING AT iff822
=   EXIT CODE: 13
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Broken pipe (signal 13)
This typically refers to a problem with your application.
Please see the FAQ page for debugging suggestions

使用simple而不是runin script.sh，该命令mpirun -n 2 script.sh有效

exec run...
exec run...
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