我正在用Python编写一个简短的程序来读取FASTA文件,该文件通常采用以下格式:
>gi|253795547|ref|NC_012960.1| Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome, 52 lines
GACGGCTTGTTTGCGTGCGACGAGTTTAGGATTGCTCTTTTGCTAAGCTTGGGGGTTGCGCCCAAAGTGA
TTAGATTTTCCGACAGCGTACGGCGCGCGCTGCTGAACGTGGCCACTGAGCTTACACCTCATTTCAGCGC
TCGCTTGCTGGCGAAGCTGGCAGCAGCTTGTTAATGCTAGTGTTGGGCTCGCCGAAAGCTGGCAGGTCGA
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我已经创建了另一个程序来读取这个FASTA文件的第一行(又名标题),现在我希望第二个程序从序列开始读取和打印.
我该怎么办?
到目前为止我有这个:
FASTA = open("test.txt", "r")
def readSeq(FASTA):
"""returns the DNA sequence of a FASTA file"""
for line in FASTA:
line = line.strip()
print line
readSeq(FASTA)
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多谢你们
-菜鸟
def readSeq(FASTA):
"""returns the DNA sequence of a FASTA file"""
_unused = FASTA.next() # skip heading record
for line in FASTA:
line = line.strip()
print line
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阅读关于file.next的文档() ,看看为什么你应该警惕混合file.readline()使用for line in file:
你应该展示你的脚本。从第二行读取,类似这样
f=open("file")
f.readline()
for line in f:
print line
f.close()
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