在Windows和Python3.7.4下安装RDKit

Question

如果RDKit的安装不是那么复杂，则它可能是一个不错的软件包。在SO上，有几个问题与RDKit的安装有关。但是，在不同的操作系统或不同的环境上。

我的配置是： Win10，Python 3.7.4，pip已安装，PATH已设置，PYTHONPATH已设置。通过可以正常安装其他模块python -m pip install <package>。

我知道该网站建议使用Anaconda进行最快的安装。但是，我没有也不想水蟒。

在网页上显示：“从以下网址获取适当的Windows二进制版本：https : //github.com/rdkit/rdkit/releases ”。但是，没有最新版本的二进制文件。

这意味着，我将不得不从源代码构建它。我很犹豫，因为该过程似乎很复杂，安装了许多新问题和未知数的额外安装，此外，对于那些首次从源头构建二进制文件的人来说，说明似乎已经过时且不完整。

因此，然后我尝试了RDKit的一些非官方二进制文件。

如果我解压它们并按照说明设置路径，则会收到此错误消息：

>>> from rdkit import Chem
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\xyz\Programs\RDKit\rdkit\__init__.py", line 2, in <module>
    from .rdBase import rdkitVersion as __version__
ImportError: DLL load failed: The specified module could not be found.

所以，最后我的问题是：

• 如何使用上述配置正确安装RDKit？
• 指定的DLL丢失了什么？
• 它在哪里期待并搜索它？
• 这些RDKit 3.6二进制文件是否可能与Python 3.7.4不兼容？

我很确定这可能是一件“小事”（这里的路径或那里的支票），但我被卡住了。谢谢您的提示。

更新：

显然，这不仅仅是一件“小”事情。使它起作用的可能性很低。同时，我发现了这一点：

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/1812

https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2389

如果作者rdkit写道（2019年4月）：

我很高兴能够进行RDKit的点分配，但是据我所知，没有人设法弄清楚如何使其真正起作用。

我很乐意接受某人提出的PR，但我不太可能在不久的将来随时有时间自己这样做。

因此，如果有人有能力实现这一目标，请放心。如果要使用RDKit，我将花费时间在其他方面，或者必须切换到Anaconda。

Answer 1

只是为了结束这个问题......

与此同时，RDKit 的安装似乎可以在没有 conda 的情况下完成。至少，我在Python 3.7.4和3.11.1（64位）上成功了，但在Python 3.6.3（32位）上却没有成功

pip install rdkit

查看更新： https: //github.com/rdkit/rdkit/issues/1812

以及 @VandanRevanur 在 2023 年的评论：How to install a package rdkit from Conda with pip?