如何将库添加到 pymol？

Question

我已经下载了 pymol 并在我的 Mac 上使用。我从应用程序文件夹中打开它。我可以在其中成功运行 python 脚本。但是，我无法导入该脚本中的任何库。我目前知道将可导入库添加到 python 环境的方法是通过 anaconda navigator。有没有办法让 anaconda 将 pymol 应用程序视为一个环境，然后我可以向其中添加库？

有没有更简单的方法来添加库？我尝试过使用 pip install，但我不太了解它，而且我一直无法找到将 pip install 到我的 pymol 环境中的方法。

抱歉，如果这个问题的答案非常简单，那么我是编程新手。

Answer 1

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• PyMol 安装程序安装其自己的 Python3。
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• 要使用您使用的系统 anaconda 安装 PyMOL conda install -c schrodinger pymol。
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• 要在没有 Anaconda 的情况下安装，您必须在安装后对其进行编译python3-dev libglm-dev freeglut3-dev libglew-dev libpng12-dev libfreetype6-dev build-essential libxml++3.6-dev，因此非常困难。
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• 从您的系统/conda python（例如在Mac上ln -s /Applications/PyMOL.app/Contents/lib/python3.7/site-packages/pymol /Users/myname/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pymol）pymol为egg文件和Schr\xc3\xb6dinger制作的依赖项创建符号链接apbs freemol glew mengine mpeg_encode mtz2ccp4_px pdb2pqr pmw，并pip非Schr\xc3\xb6dingerlibopenblas或类似的黑客似乎不起作用对于任何 \xe2\x80\x94many 尝试过的人。
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因此，如果您想在 PyMOL 中使用脚本并安装库，只需在 PyMOL 中调用 python（例如/Applications/PyMOL.app/Contents/bin/python3.7在 Mac 上）。在 Linux 上，您可能安装的conda install -c schrodinger pymol最终版本不是 1.8，因此这不适用。在 Windows 上，您必须找到它的安装位置（import sys以及print sys.executablePyMOL 中）。

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因此，如果您想在 Python 代码中使用 PyMOLconda install -c schrodinger pymol或通过 pip 进行编译。是的，这很浪费，您必须重新添加许可证。
\n关于这个模式，记得在没有显示pymol_argv = [\'pymol\', \'-qc\']或的情况下运行__main__.pymol_argv = [\'pymol\', \'-qc\']。

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