如何在numpy和R之间传递大型数组？

Question

我正在使用python和numpy/scipy来执行正则表达式并阻止文本处理应用程序.但我也想使用一些R的统计软件包.

将数据从python传递给R的最佳方法是什么？(然后回来？)

此外,我需要在某些时候将阵列备份到磁盘,所以我愿意从python中保存并加载R,如果这是最好的解决方案.矩阵非常大(例如100,000 x 10,000),因此使用稀疏矩阵也可能很好.

如果这是转贴,请道歉.我无法找到任何将所有这些部分放在一起的东西.

Answer 1

• 你已经看过RPy吗？它是R的python接口.我想这样可以省去数据处理.

• 要备份NumPy阵列,您可以使用pickle.由于在保存大量数据时似乎会产生大量开销,因此最好使用HDF标准保存NumPy阵列.这是一篇文章,内容包括:http://www.shocksolution.com/2010/01/10/storing-large-numpy-arrays-on-disk-python-pickle-vs-hdf5adsf/