在 Nextflow 中执行 Singularity 容器时激活 conda 环境

Question

我正在使用 Singularity 容器来运行来自 Nextflow 工作流管理系统的命令。我在 Singularity 中有一个 conda 环境，当我进入容器时可以激活它

singularity pull shub://brucemoran/Singularity:pcgr.centos7
singularity shell brucemoran-Singularity-pcgr.centos7.img
#<inside container>
source activate pcgr

当 Nextflow 执行时，我已经定义了source activate pcgr我认为应该激活 conda env 的位置。但我收到unbound variable HOST警告。我认为这与未激活和随后使用变量有关，如果环境已激活，则应定义这些变量（？）。

我希望容器在执行时激活 env (pcgr)。我尝试过

%run
 source activate pcgr 

和

%post
 source activate pcgr

但这对我不起作用

singularity exec pcgr.img which pcgr.py
which: no pcgr.py in ...

我看不出这是如何完成的，但假设这很容易，而且我严重忽略了一些事情！

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Answer 1

奇点中的 shell 运行在特殊的环境中，因此标准 conda 的修改不起作用.bashrc。相反，您需要修改$SINGULARITY_ENVIRONMENT变量。Singularity 定义文件中的这些内容应该有效：

# set to whatever your conda path is, I usually install to /opt
echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT
echo "conda activate pcgr" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

这样conda环境就会自动激活。如果您希望在步骤中手动激活它，则可以省略第二行并在%run步骤中执行此操作。

编辑：更改为 using.而不是为了source与 with 兼容/bin/sh，在下面的评论中提到