Snakemake：访问字典值的正确语法

Question

这是我正在尝试做的事情的一个例子：

mydictionary={
'apple': 'crunchy fruit',
'banana': 'mushy and yellow'
}

rule all:
    input:
        expand('{key}.txt', key=mydictionary.keys())

rule test:
    output: temp('{f}.txt')
    shell:
        """
        echo {mydictionary[wildcards.f]} > {output}
        cat {output}
        """

由于某种原因，我无法访问字典内容。我尝试使用双大括号，但文本文件的内容变成了文字{mydictionary[wildcards.f]}（而我想要字典中相应条目的内容）。

Answer 1

我很确定括号标记只能用变量值的字符串表示形式替换变量，但不支持括号内的任何代码评估。也就是说，{mydictionary[wildcards.f]}将尝试查找字面名为 的变量"mydictionary[wildcards.f]"。同样，{mydictionary}[{wildcards.f}]只需将字符串值粘贴在一起。因此，我认为您无法shell仅在该部分中完成您想要的事情。相反，您可以在本params节中完成您想要的操作：

rule test:
    output: temp('{f}.txt')
    params:
        value=lambda wcs: mydictionary[wcs.f]
    shell:
        """
        echo '{params.value}' > {output}
        cat {output}
        """