使用ggplot2将显着条添加到比例图

Question

我有一个比例图，我想添加显着性条，以显示各组之间的统计差异。我想使用该ggsignif包创建类似的内容：

我已经尝试过使用ggsignif包和ggplot2，但是结果似乎不适用于比例测试（例如chi.square）

我的数据如下所示：

Input =("
        Group  Yes  No
        1       10       90
        2       30       70
        3       20       80
        ")

test_table = as.data.frame(read.table(textConnection(Input),
                              header=TRUE))

我的最初情节看起来像这样：

ggplot(test_table, 
       aes(x=Group, y=Yes)) 
    + geom_col()

Answer 1

这是一种可能性。

我们首先使用基数R来计算成对的比例对之间的成对比较（针对多个假设检验的校正）pairwise.prop.test（请参阅?pairwise.prop.test和?prop.test了解详细信息）：

library(broom)
library(tidyverse)
res <- pairwise.prop.test(as.matrix(test_table[, -1])) %>%
    tidy() %>%
    mutate_at(vars(contains("group")), ~factor(.x, test_table$Group))
res
## A tibble: 3 x 3
#  group1 group2 p.value
#  <fct>  <fct>    <dbl>
#1 2      1      0.00235
#2 3      1      0.149
#3 3      2      0.149

我broom::tidy用来整理输出pairwise.prop.test；这不是关键的依赖关系，但可以节省我们一些时间。

然后，我们可以绘制Yes/(Yes + No)成对测试比例测试中的比例和覆盖p值

library(ggsignif)
df <- test_table %>%
    mutate(Prop = Yes / (Yes + No))

ggplot(df, aes(Group, Prop, group = Group)) +
    geom_col() +
    geom_signif(
        xmin = as.integer(res$group1),
        xmax = as.integer(res$group2),
        y_position = 0.3 + df$Prop,
        annotation = format(res$p.value, digits = 3),
        tip_length = 0.1)