如何在 R 中激活 anaconda 环境

Question

我的目录中 有 qiime2 程序https://qiime2.org/home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1。在 Linux 终端中，我运行source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1以启动该程序。

我尝试在 R studio as 中这样做system('source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1')，但它给了我这个错误：sh: 1: activate: not found Warning message: In system('activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1') : error in running command

有没有办法在 R 或 Rstudio 中激活 anaconda env？

Answer 1

是的，我建议通过多种方式查看 reticulate 包，但基本上，R Studio preview 1.2 能够“找到”您的 conda 环境。

我的首选方式是：

library(reticulate)
library(tidyverse)

# Seeing your enviroments
conda_list()

#Using it
conda_list()[[1]][1] %>% 
  use_condaenv(required = TRUE)

#Checking python

import platform
print(platform.python_version())

链接

网状：https : //rstudio.github.io/reticulate/

我的博客：https : //twosidesdata.netlify.com/2019/03/23/exploratory-data-analysis-basic-pandas-and-dplyr/#how-to-set-up-reticulate