在Debian/Ubuntu中安装R Package XML

Question

我刚刚开始使用Ubuntu并希望在R中编程.我从终端成功安装了最新版本的R(目前为2.12.2).然后我尝试运行以下命令:

> install.packages("XML")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("XML") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to create a personal library
'~/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12'
to install packages into?  (y/n) 

我应该创建个人目录还是错过了允许我写入站点库的某个步骤.

提前致谢.

Answer 1

评论sarnold是非常正确的.在Debian(以及Ubuntu)包中,该目录/usr/local/lib/R/site-library/由文件/var/lib/dpkg/info/r-base-core.postinst脚本创建- 相关代码为:

# edd 03 Apr 2003  cf Section 10.1.2 of Debian Policy
if [ ! -e /usr/local/lib/R ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R
    chmod 2775 /usr/local/lib/R
  fi
fi
if [ ! -e /usr/local/lib/R/site-library ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R/site-library 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R/site-library
    chmod 2775 /usr/local/lib/R/site-library
  fi
fi

因此该目录由root:staff模式2775 拥有,或者是"用户和组读写,其他只读".

所以要写在那里,你有两个基本选择:

1. 总是使用sudo或变得root笨拙.

2. 将自己添加到群组中staff.它可能有一个用户友好的GUI; 我是Unix的老学校,做手工的编辑/etc/group和/etc/gshadow-后可以直接安装(当然,你需要一个新的外壳,拥有这些权利,或只启动一个新的终端).您当然也可以选择一个不同的组,或者创建一个组,但是您还需要相应地更改目录树/usr/local/lib/R/.

希望这可以帮助.r-sig-debian列表是这样的Debian/Ubuntu问题的友好地方,我推荐它.之前的问题出现了.

编辑: 此外,相当数量的(更复杂的)软件包是Ubuntu/Debian的一部分,所以要获得XML,你可以这样做sudo apt-get install r-cran-xml.做一个apt-cache search r-cran看看有什么.

Answer 2

最简单的选择是将自己添加到staff用户组.赶紧跑:

sudo adduser <user> staff

替换<user>为您的用户名.

在Ubuntu 14.04中测试过