针对长数据框的所有组的散点图

Question

我很确定已经有人问过类似的问题，但我不知道如何搜索它。

我经常获取宽格式的数据，就像我的 3 个实验 (ac) 的小例子一样。我通常转换为长格式并通过某些函数转换值（此处log2作为示例）。

我经常想做的是将所有实验相互对比，在这里我正在寻找一个方便的解决方案。如何转换我的数据框以获取构面，例如使用a~b,a~c和b~c...

到目前为止，我tidy::spread再次输入数据并执行 3 次ggplot命令，其中各个列名称为x和y。后来我将各个图表合并在一起。

有没有更方便的方法呢？

library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

df <- data.frame(
  names=letters,
  a=1:26,
  b=1:13,
  c=11:36
)

df %>%
  tidyr::gather(experiment, value, -names) %>%
  mutate(log2.value=log2(value)) 

编辑
因为我从@hdkrgr得到了一个非常有用的答案，所以我修改了一些我的代码。这inner_join是一个很棒的技巧，我可以实现它来自动化我的想法，我仍然怀念的是一个聪明的过滤器来摆脱冗余数据，因为我不想绘制c~c或者b~a如果我已经绘制了a~b。我现在通过提供我想做的配对解决了这个问题，但是有人能想到一个直接的解决方案吗？我想不出有什么东西可以给我带来独特的搭配。

my_pairs <- c('a vs. b', 'a vs. c', 'b vs. c')

df %>%
  as_tibble() %>%
  tidyr::gather(experiment, value, -names) %>%
  mutate(log2.value=log2(value))  %>%
  inner_join(., ., by=c("names")) %>%
  mutate(pairing=sprintf('%s vs. %s', experiment.x, experiment.y)) %>%
  filter(pairing %in% my_pairs) %>% 
  ggplot(aes(log2.value.x, log2.value.y)) + 
  geom_point() + 
  facet_wrap( ~ pairing, labeller=label_both)

Answer 1

从长格式开始的一种方法是对长数据进行自连接，以获得每行中两个实验的所有组合：

df %>%
    tidyr::gather(experiment, value, -names) %>%
    mutate(log2.value=log2(value)) %>%
    inner_join(., ., by=c("names")) %>% 
    ggplot(aes(log2.value.x, log2.value.y)) + geom_point() + facet_grid(experiment.y ~ experiment.x)

编辑：为了避免绘制冗余的实验对，您可以执行以下操作：

df %>%
    tidyr::gather(experiment, value, -names) %>%
    mutate(log2.value=log2(value)) %>% inner_join(., ., by=c("names")) %>% 
    filter(experiment.x < experiment.y) %>% 
    ggplot(aes(log2.value.x, log2.value.y)) + geom_point() + facet_wrap(~experiment.y + experiment.x)