请问是否有 R 代码集使用 PubMed ID 或 DOI 来获取该文章的数据文件？

Question

我正在尝试从 NCBI 或 PubMed 获取与数百个唯一 DOI 或 PMID 相关或附加的数据文件名，使用 R 语言。例如。我有 PMID：19122651 并且，我想获得连接到它的三个 GSE 的名称，它们是：GSE12781、GSE12782 和 GSE12783。我搜索了各种来源和软件包，但无济于事。
感谢您的帮助。

Answer 1

你可以使用rentrez包来做到这一点。

所需的函数是entrez_link。

例子：

library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

3 个结果是关联的 GEO 数据集记录的 ID。您可以使用entrez_summary.

这是一个有点难看的东西sapply，可以作为函数的基础：

sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"