R 中的 ggalluvial 包 - 按轴设置冲积填充颜色（而不是仅按最终轴）

Question

我目前正在尝试使用 Rggalluvial包生成冲积图。我希望用它来绘制连续时间段（Seg1、Seg2、Seg3、Seg4）内不同值之间的多个连续迁移。在 Seg 1 中，所有案例都具有“workseg”值；在 Seg 2 处，该值可以是其他三个值之一（相关内容、不相关内容、NONE）；Seg3 和 Seg4 值可以是四个选项中的任何一个。

使用以下代码...

##Reorder levels per segment (make vertical order of strata levels identical 
across all axes, rather than "zig-zag" --> this is just an aesthetic 
preference)##

dRG.lode <- dRG %>%
  mutate(Seg2 = factor(Seg2, levels=c("workseg", "related content", 
"unrelated content", "NONE")),
         Seg3 = factor(Seg3, levels=c("workseg", "related content", 
"unrelated content", "NONE")),
         Seg4 = factor(Seg4, levels=c("workseg", "related content", 
"unrelated content", "NONE")))


##Plot##

ggplot(as.data.frame(dRG.lode),
       aes(axis1 = Seg1, axis2 = Seg2, axis3 = Seg3, axis4 = Seg4)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Seg4), width = 1/12) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/12, fill = "black", color = "grey") +
  geom_label(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  scale_x_discrete(limits = c("Seg1", "Seg2", "Seg3", "Seg4"), expand = 
c(.05, .05, .05, .05)) +
  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set1") +
  ggtitle("Time Course, Segment by Segment")

...我已经能够制作以下情节：

我的主要问题：

1) 是否有一种方法可以根据 Seg4 值，使冲积土填充颜色从开始到结束在整个冲积土链上不一致，而不是根据当前轴值逐轴改变颜色？例如，我希望给定轴上层值为“workseg”的所有股线在该轴和前一个轴之间为蓝色。根据本小插图 底部的疫苗接种示例，类似的情况似乎是可能的（参见附录上方的最后一个图）。该示例中的填充反映了它们各自来自的层（例如，来自“从不”层的所有线都是青色的，无论它们在下一个轴上的值如何）。我基本上想实现与此相反的功能 - 即基于下一个轴的层进行填充（例如，通向“workseg”层的所有股线都是蓝色的，无论它们在前一个轴的值​​在哪里）。

一个不相关的次要问题：

2）有什么方法可以给alluvia添加注释吗？也就是说，它们的轴包含基于数据集中的值的层标签，但是是否有一种方法可以向线本身添加标签或其他注释信息（超出后期制作中的手动方式）？

Answer 1

geom_flow()在疫苗接种示例中，流通过with fill = response（层变量）采用从左侧层开始的美学；这不能使用 来完成geom_alluvium()，它将每个完整的冲积层渲染为单个图形对象（“grob”）。您链接到的数据采用ggalluvial认为的“宽”格式，即每个轴都是一个变量，但为了具有一致的层变量，数据需要采用“长”格式。

下面的代码进行了这两项更改并使用aes.flow = "backward"（请参阅文档）让流程采用从层到其右侧（而不是左侧）的美学。

library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
library(ggplot2)
library(ggalluvial)

dRG <- read.csv("~/Downloads/mydata.csv")

dRG.lode <- dRG %>%
  mutate(Seg2 = factor(Seg2, levels=c("workseg", "related content", 
                                      "unrelated content", "NONE")),
         Seg3 = factor(Seg3, levels=c("workseg", "related content", 
                                      "unrelated content", "NONE")),
         Seg4 = factor(Seg4, levels=c("workseg", "related content", 
                                      "unrelated content", "NONE")))

dRG.long <- to_lodes_form(dRG.lode, -X,
                          key = "segment", value = "value", id = "id")

ggplot(dRG.long,
       aes(x = segment, stratum = value, alluvium = id)) +
  geom_flow(aes(fill = value), width = 1/12, aes.flow = "backward") +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/12, fill = "black", color = "grey") +
  geom_label(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  scale_x_discrete(limits = c("Seg1", "Seg2", "Seg3", "Seg4"), expand = 
                     c(.05, .05, .05, .05)) +
  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set1") +
  ggtitle("Time Course, Segment by Segment")

^{由reprex 包(v0.2.1)于 2019-03-28 创建}

经过反思，参数aes.flow及其选项的命名约定"forward"可能"backward"不是最直观的。我欢迎对此提出建议！