R中制作乳胶台的工具

Question

根据一般要求,社区维基在R中生成乳胶表.在这篇文章中,我将概述最常用的包和博客,其中包含用于从不太直接的对象生成乳胶表的代码.请随意添加我错过的任何内容,和/或提供有关如何使用R生成格式良好的乳胶桌的提示,提示和小技巧.

套餐:

• xtable:用于大多数简单对象的标准表.举例一个不错的画廊,可以发现在这里.
• memisc:用于管理调查数据的工具,包含一些用于(基本)回归模型估计的乳胶表的工具.
• Hmisc包含一个函数latex(),用于创建包含所选对象的tex文件.它非常灵活,也可以输出longtable乳胶表.帮助文件中有很多信息?latex
• miscFuncs有一个简洁的函数'latextable',它将带有混合字母和数字条目的矩阵数据转换成LaTeX表并将它们打印到控制台,这样它们就可以被复制并粘贴到LaTeX文档中.
• texreg包(JSS文件)将统计模型输出转换为LaTeX表.合并多个模型.可以处理大约50种不同的模型类型,包括网络模型和多级模型(lme和lme4).
• reporttools包(JSS文件)是连续,分类和日期变量的描述性统计的另一种选择.
• tables包可能是R中用于描述性统计的最常用的LaTeX表制作包
• stargazer包制作了不错的比较统计模型汇总表

博客和代码片段

• 保罗约翰逊的outreg函数在Latex中给出了类似Stata的表,用于回归的输出.这个很棒.
• 正如之前的一个问题所示,有一个代码片段可以使memme包适应lme4对象.

相关问题:

• 对R/LaTeX表创建包的建议
• Rreport/LaTeX质量输出包
• 使用xtable为乳胶输出排序表
• 有没有办法从lme4 mer模型拟合对象生成LaTeX表？
• R data.frame,带有用于xtable的乳胶输出的堆叠指定标题
• 使用公式语言,使用非常灵活且有趣的语法,自动将表格快速添加到R的乳胶中

Answer 1

我想补充说一下"brew"包.你可以编写一个brew模板文件,它是带有占位符的LaTeX,然后"酿造"它以创建一个.tex文件到\ include或\输入你的LaTeX.就像是:

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

brew语法也可以处理循环,因此您可以为数据帧的每一行创建一个表行.

Answer 2

感谢Joris创建这个问题.希望它将成为一个社区维基.

乳胶中的booktabs包装产生漂亮的桌子.这是一篇关于如何使用xtable 创建使用booktabs的乳胶表的博客文章

我还会将apsrtable包添加到混合中,因为它会生成漂亮的回归表.

另一个想法:其中一些软件包(特别是memisc和apsrtable)允许轻松扩展代码以生成不同回归对象的表.一个这样的例子是问题中显示的lme4 memisc代码.启动github存储库来收集这样的代码片段可能是有意义的,并且随着时间的推移甚至可能将它添加到memisc包中.任何接受者？

Answer 3

该斯塔盖泽包是另一个不错的选择.它支持来自许多常用函数和包(lm,glm,svyreg,survival,pscl,AER)以及zelig的对象.除了回归表,它还可以输出数据帧的摘要统计信息,或直接输出数据帧的内容.

Answer 4

我有一些技巧和解决xtable和Latex的有趣"功能",我将在这里分享.

技巧#1:删除列中的重复项和技巧#2:使用Booktabs

首先,加载包并定义我的清理功能

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)} 

现在生成一些假数据

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

现在我们可以生成一个表,并使用clean函数删除标签列中的重复条目.

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@ 

这是一个正常的xtable

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

这是一个普通的xtable,其中自定义函数将重复项转换为NA

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

此表使用booktab包(并且标题中需要\ usepackage {booktabs})

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@ 

Answer 5

taRifx包中的两个实用程序可以协同使用,以生成嵌套层次结构的多行表.

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

Answer 6

...和Xick中的Trick#3多行条目

生成更多数据

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

现在生成我们的xtable,使用sanitize函数用正确的Latex换行命令替换列名(包括双反斜杠,所以R很高兴)

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
                return(str)
            })
@  

(虽然这并不完美,因为我们需要\ tabularnewline所以表格格式正确,而Xtable仍然放在最后的\,所以我们最终在表格标题下方留下一个空行.)

Answer 7

您还可以使用R包micsFuncs中的latextable函数:

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable(M)其中M是具有混合字母和数字条目的矩阵,在屏幕上输出基本的LaTeX表,可以将其复制并粘贴到LaTeX文档中.如果数量较少,它也会用索引表示法替换它们(例如1.2x10 ^ { - 3}).

Answer 8

用于将多个回归模型聚合到LaTeX表中的另一个R包是texreg.