在 Shinyapps.io 上使用 python 3 in reticulate

Question

我在 Python 3 中有一些代码，我通过reticulate库在 R 中运行这些代码以在shiny应用程序中使用。它在我的本地机器上运行良好，但是当我在 Shinyapps.io 中发布时，网状默认使用 Python 2。

到目前为止，我尝试使用use_python函数，但我不确定路径：

use_python("/usr/bin/python3", require = TRUE)

日志给了我错误：

2019-02-12T13:44:54.691167+00:00 shinyapps[710102]: Warning: Error in initialize_python: Python shared library '/usr/lib/libpython3.5.so' not found, Python bindings not loaded.
2019-02-12T13:44:54.697101+00:00 shinyapps[710102]:   64: stop
2019-02-12T13:44:54.697103+00:00 shinyapps[710102]:   63: initialize_python
2019-02-12T13:44:54.697104+00:00 shinyapps[710102]:   62: ensure_python_initialized
2019-02-12T13:44:54.697105+00:00 shinyapps[710102]:   61: py_run_file
2019-02-12T13:44:54.697106+00:00 shinyapps[710102]:   60: source_python
2019-02-12T13:44:54.697107+00:00 shinyapps[710102]:   59: server [/srv/connect/apps/str_telefonica/app.R#57]
2019-02-12T13:44:54.697385+00:00 shinyapps[710102]: Error in initialize_python(required_module, use_environment) : 
2019-02-12T13:44:54.697387+00:00 shinyapps[710102]:   Python shared library '/usr/lib/libpython3.5.so' not found, Python bindings not loaded.

Answer 1

要使用reticulatePython 3将应用程序部署到 Shinyapps.io ，您的代码应该创建一个 Python 3 虚拟环境并将任何所需的包安装到其中：

reticulate::virtualenv_create(envname = 'python3_env', 
                              python = '/usr/bin/python3')

reticulate::virtualenv_install('python3_env', 
                               packages = c('numpy'))  # <- Add other packages here, if needed

然后，而不是使用该use_python()函数，只需指向reticulate您创建的 Python 3 虚拟环境：

reticulate::use_virtualenv('python3_env', required = T)

有关使用reticulatePython 3 将Shiny 应用程序部署到 Shinyapps.io的更完整教程，请查看此分步示例。

注意：直到几个月前，从 Python 3reticulate调用virtualenv仍然默认创建了一个 Python 2 虚拟环境。但是，这已在reticulate2019 年 10 月 8 日的开发版本中修复。

您可以reticulate使用 R 包安装该特定版本的修复程序remotes：

remotes::install_github("rstudio/reticulate", force = T, ref = '0a516f571721c1219929b3d3f58139fb9206a3bd')

或使用任何reticulate>= v1.13.0-9001，您将能够在 Shinyapps.io 上创建 Python 3 虚拟环境。