如何使用奇点图像运行 jupyter notebook？

Question

我已经构建了一个包含最新 anaconda 版本的奇异图像 (jupyter.sif)，我想用它来运行 jupyter notebook。

我想运行这样的东西：

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singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

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本质上，只需启动一个普通的 jupyter 笔记本，它将使用 python 版本和安装在奇异图像中的包。理想情况下，笔记本将读取和写入图像外的文件（因此我指定了绑定路径）。

但是，当我运行上述命令时，出现以下错误：

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回溯（最近一次调用）：文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，第 528 行，在 get value = obj._trait_values[self.name] KeyError: '运行时目录'

在处理上述异常的过程中，又发生了一个异常：

回溯（最近一次调用最后一次）：

文件“/opt/conda/bin/jupyter-notebook”，第 11 行，在 sys.exit(main()) 中

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”，第266行，在launch_instance return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”，第657行，在launch_instance app.initialize(argv)

文件“”，第 2 行，在初始化中

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”，第87行，catch_config_error返回方法（app，*args，**kwargs）

初始化 self.init_configurables() 中的文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”，第 1626 行

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”，第 1319 行，在 init_configurables connection_dir=self.runtime_dir 中，

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，第556行，在get return self.get(obj, cls)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，第535行，在get value = self._validate(obj, dynamic_default())

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”，第 99 行，在 _runtime_dir_default ensure_dir_exists(rd, mode=0o700)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/utils/ INIT py”为13行，在ensure_dir_exists os.makedirs（路径，模式=模式）

文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第 211 行，在 makedirs 中 makedirs(head,exist_ok=exist_ok)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第 211 行，在 makedirs 中 makedirs(head,exist_ok=exist_ok)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第 221 行，在 makedirs mkdir(name, mode)

OSError: [Errno 30] 只读文件系统: '/run/user'

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我认为这是因为笔记本试图在图像中写入内容，并且因为我没有将图像作为 sudo 运行（我不想这样做）并且我在执行图像时也没有指定 --writable （也不想这样做），它抱怨无法在图像中写入。

有没有办法“告诉”图像在我的主目录中而不是在图像内部读取和写入文件？

谢谢

Answer 1

我刚刚遇到了同样的问题，这似乎已经为我解决了：将/run/user容器内部映射到外部的工作目录（或您选择的目录）。对于你的情况，可能意味着：

singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ --bind $PWD:/run/user jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

像这样运行时，在我的例子中1000创建了一个文件夹