如何控制ggraph中的节点颜色？

Question

我有一个网络图，我想为边着色以匹配它们各自的节点。这在igraph情节中相当直接，但我更喜欢这样做，ggraph因为我喜欢包提供的其他美学。

似乎对ggraph; 中的节点颜色几乎没有控制。而边缘颜色被广泛覆盖。

我的问题是：如何将我的边与使用自定义函数着色的节点进行匹配，以便“离开”节点的每条边的颜色与其节点相同。这应该有助于人们更轻松地通过网络跟踪流量。一个更普遍的问题是：ggraph 如何在美学论证之外分配颜色。我的问题类似于我之前在这里问过的另一个问题，但反过来（将边与节点匹配），在这里找到。

这是一个可重现的示例：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)
library(RColorBrewer)

## the custom function using Color Brewer
cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

## make the graph
g <- erdos.renyi.game(50, .1) 

# provide some names
V(g)$name <- 1:vcount(g)

#plot using ggraph
g %>% 
  as_tbl_graph() %>% 
  activate(nodes) %>% 
  mutate(degree  = centrality_degree()) %>% 
  ggraph()+
  geom_edge_fan(aes(color = as.factor(from),
                    alpha = ..index..),
                show.legend = F)+
  geom_node_point(aes(size = degree), 
                  color = cols_f(vcount(g)), # custom function for node color
                  show.legend = F)+
  scale_color_manual(values = cols_f(ecount(g)))+ # custom function for edge color
  coord_equal()

Answer 1

我个人发现显式地使用layout对象有助于理解变量映射。

它具有类“layout_igraph”+“layout_ggraph”+“data.frame”并包含

1. adata.frame为节点，其坐标由create_layout以及定义
2. 输入“tbl_graph”+“igraph”对象（参见attributes(layout)$graph）

前者通过geom_node_point绘制节点来访问，后者通过geom_edge_fan绘制边来访问。

节点的颜色可以通过 ggplot2 标准来控制scale_color_manual，边缘的颜色可以通过 ggraph 添加来控制scale_edge_color_manual。limits如果相应地设置了属性，则两者都可以与相同的节点名称〜颜色映射一起使用，因为它包含...

定义比例的可能值及其顺序的字符向量。

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)

## the custom function using Color Brewer
cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

## make the graph
g <- erdos.renyi.game(50, .1) 

# provide some names
V(g)$name <- 1:vcount(g)

# plot using ggraph
graph_tbl <- g %>% 
  as_tbl_graph() %>% 
  activate(nodes) %>% 
  mutate(degree  = centrality_degree()) 

layout <- create_layout(graph_tbl, layout = 'igraph', algorithm = 'nicely')

ggraph(layout) +
  geom_edge_fan(
    aes(color = as.factor(from), alpha = ..index..),
    show.legend = F
  ) +
  geom_node_point(
    aes(size = degree, color = as.factor(name)),
    show.legend = F
  ) +
  scale_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
  ) +
  scale_edge_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
  ) +
  coord_equal()