在macOS Mojave中安装R软件包：if（nzchar（SHLIB_LIBADD））中的错误

Question

我一直在尝试直接从终端安装R软件包，但我所付出的努力远不止于在Windows中设置所需的库。有时，如果我通过从CRAN下载它们并将它们放置在R文件夹中来安装更复杂的软件包的每个单个依赖项，则它会起作用。我知道这样做效率不高，但是如果在安装某些软件包时在终端中运行R，则会出现以下经常性错误：

** libs
Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() : 
argument is of length zero
* removing ‘/anaconda3/lib/R/library/<package name>’

[...]

In install.packages("<package name>") :
installation of package ‘fpc’ had non-zero exit status

我一直在很多论坛上找，但是到目前为止，我发现的唯一解决方案是通过下载单个依赖并将它们拖放到主R文件夹中来手动安装单个依赖。它花费的时间比预期的长。任何建议将不胜感激。谢谢

Answer 1

我已经在R的conda版本中看到了这个问题，其中/ yours / anaconda / environment / lib / R / etc /具有一个文件Makeconf.mro.original和一个空的Makeconf文件。这不应该是故意的。

在安装某些软件包期间，R检查此Makeconf文件中的内容，其中一种检查是针对SHLIB_LIBADD。我只是备份了空的（或任何）Makeconf文件。然后将Makeconf.mro.original复制到Makeconf。

这解决了我的情况。

Answer 2

就我而言（centos 7）： /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf是一个空文件！

find ~ -name Makeconf
/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-h8900bf8_2/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/envs/python2.7/lib/R/etc/Makeconf
/home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf

/home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf 不为空，所以：

 mv /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf.backup
 cp /home/xilab/miniconda3/pkgs/r-base-3.6.1-hce969dd_0/lib/R/etc/Makeconf /home/xilab/miniconda3/lib/R/etc/Makeconf

问题解决了！