如何用固定位置控制igraph图布局？

Question

我正在尝试绘制网络可视化以类似于流程图.我对以下代码非常接近,但我有几个问题:

1. 这是最好的layout()算法,还是我可以为每个节点手动分配位置>
2. 如何确保这些节点在图中不重叠(就像在这里一样)？
3. 我可以将一个节点指定为"锚点"或起点吗？即,我可以将"C"作为最顶层或最左侧的节点吗？

非常感谢!!

library("igraph")
L3 <- LETTERS[1:8]
d <- data.frame(start = sample(L3, 16, replace = T), end = sample(L3, 16, replace = T),
                weight = c(20,40,20,30,50,60,20,30,20,40,20,30,50,60,20,30))


g <- graph.data.frame(d, directed = T)

V(g)$name 
E(g)$weight

ideg <- degree(g, mode = "in", loops = F)

col=rainbow(12) # For edge colors

plot.igraph(g, 
  vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20",
  vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30,
  vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20",
  vertex.shape = "rectangle",
  edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight / 10,
  edge.curved = T, 
  layout = layout.reingold.tilford)

Answer 1

igraph中的布局定义在一个矩阵中,每个节点有2列和一行.第一列表示其x位置,第二列表示其y位置,并且比例不相关(它总是重新调整以适合-1到1的绘图区域.您可以在绘图之前通过调用图形上的布局函数来获得此布局:

 l <-layout.reingold.tilford(g) 
 l
     [,1] [,2]
[1,]    0    0
[2,]   -1    3
[3,]    0    1
[4,]    0    3
[5,]    0    2
[6,]    0    4
[7,]    1    3

这样您可以手动以任何方式更改它,然后将其发送到绘图:

plot.igraph(g, 
  vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20",
  vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30,
  vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20",
  vertex.shape = "rectangle",
  edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight / 10,
  edge.curved = T, 
  layout = l)

您似乎也可以设置参数params来控制布局abit.这是一个包含一个参数的列表,该参数root显然可用于设置图的根.为此节点分配一些节点(重新记录,igraph使用C类似于节点的索引,第一个节点为0).因此将根设置为"C":

l <- layout.reingold.tilford(g,params=list(root=2))

编辑:还有RGraphViz一些很好的树形布局,可能值得一试.

编辑2:

这是我的包中源代码的修改片段,它使用相同类型的布局矩阵来定义图中节点的位置,您可能会发现它很有用:

gridLayout <- function(x)
{
    LmatX <- seq(-1,1,length=ncol(x))
    LmatY <- seq(1,-1,length=nrow(x))

    loc <- t(sapply(1:max(x),function(y)which(x==y,arr.ind=T)))
    layout <- cbind(LmatX[loc[,2]],LmatY[loc[,1]])
    return(layout)
}

此函数的作用是将指定网格中布局的矩阵(类似于layout())转换为具有x和y位置的两列布局.定义一个零的矩阵,并为每个节点整数从1到节点的总数(这是igraph ID + 1).

例如,对于一个愚蠢的4节点图:

grid <- matrix(c(
    0,0,1,0,0,
    2,0,3,0,4),nrow=2,byrow=TRUE)

library("igraph")

g <- graph.adjacency(matrix(1,4,4))

plot(g,layout=gridLayout(L))

Answer 2

如果您想自己分配节点位置,则比上述方法更简单的方法是在数据表中添加标记为x和y的列,并在这些列中为相应节点添加x和y坐标.例如

library('igraph')
nodes <- c('a','b','c','d')
x <- c(0,1,2,3)
y <- c(0,1,2,3)
from <- c('a','b','c')
to <- c('b','c','d')
NodeList <- data.frame(nodes, x ,y)
EdgeList <- data.frame(from, to)
a<- graph_from_data_frame(vertices = NodeList, d= EdgeList, directed = FALSE)
plot(a)