我是可重复研究的忠实粉丝.我经常使用make,Sweave,LaTeX和R来生成大型研究报告(即大量的Sexpr()命令和大量的图形和表格).
显然,R CMD Sweave在编译时识别R代码块中的某些错误.但是生成的PDF仍然可能包含不良结果.我有一些校对这些文件的策略,但我有兴趣从SO上学习.
我不确定这是否是您正在寻找的，但如果您使用 emacs、auctex 和 emacs 讲统计，大多数这些问题都可以变得不那么重要。它们都可以在 Linux 存储库中找到，并且有一个适用于 Windows 的预编译二进制文件http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/windows/
Emacs 的主要优点是，您可以在一个窗口中显示 R 控制台，在另一个窗口中显示 tex 源，并且 Emacs 会在 .Rnw 文件中适当地突出显示 LaTeX 和 R，这确实帮助我发现了错误。您还可以评估 R 代码的小区域，并预览 TeX 中的表格和其他对象。这绝对是一个学习曲线，但我已经使用它大约一个月了，它已经使我的可重复研究效率提高了 50% 左右。一旦您了解一些键绑定，它就会很直观，另一个优点是 Emacs 为几乎所有编程语言提供了模式，这意味着花在学习如何使用它上的时间会一次又一次地得到回报。更具体地说，1) Emacs 在此处提供语法突出显示和预览区域的帮助，以确保特定表的格式符合您的要求，不会丢失行或标签。2）我通常会犯拼写错误和包丢失错误，因为我倾向于在多次遍历文档时进行统计分析。3）Emacs会发现任何编译错误，并且在编译整个文档之前可以单独测试R代码。4) 如果你使用命令 sweave (Alt+m, s)，然后编译到 LateX ctrl c，（通常两次以获得标签和 Bibtex 正确）另一个 ctrl c 将打开 PDF 进行查看（遗憾的是，它打不开）默认情况下在 emacs 中，但我想有人已经做了一个包或脚本来启用此功能）。
我确信其他人可以举更多例子来说明 emacs 对于此类工作的有用性，正如我所说，我刚刚开始使用它（但它比我使用过的所有其他 tex 和 R 程序要好得多 - Technix 中心，基尔，纺织制造商）。
我不会向不懂 R 和 LaTeX 的人推荐它，但如果你懂，它会让你的效率提高几个数量级。