安装 (centos) 时出现 rstan C++14 错误

Question

安装rstan时出现以下错误：

Error in .shlib_internal(args) :
C++14 standard requested but CXX14 is not defined

从研究中了解到 C++14 编译器应该可用。如何在配置 R 时安装相同的。使用以下命令配置 R

./configure --with-readline=no --with-x=no

并安装

yum install -y devtoolset-6

但仍然无法更新 C++14 并且 rstan 给出错误

Default C++ compiler:      g++   -g -O2
C++98 compiler:            g++  -g -O2
C++11 compiler:            g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler:            g++   -g -O2  
C++17 compiler:              
Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
Obj-C compiler: 

设置文件

 yum -y update
 yum install -y centos-release-scl
 yum install -y devtoolset-6
 yum install -y devtoolset-6-gcc-gfortran
 scl enable devtoolset-6 bash
 scl enable devtoolset-6-gcc-gfortran bash
 mkdir packages
 cd packages
 wget -qO- 
 https://downloads.sourceforge.net/project/libpng/zlib/1.2.8/zlib- 
 1.2.8.tar.gz | tar zvx
 cd zlib-1.2.8
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://downloads.sourceforge.net/pcre/pcre-8.35.tar.gz | 
 tar xzv
 cd pcre-8.35
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz | tar xzv
 cd xz-5.2.2
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz | tar xzv
 cd curl-7.47.1
 ./configure
 make
 make install
 cd ..


 wget -qO- https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.4.tar.gz | 
 tar xzv
 cd R-3.4.4
 ./configure --with-readline=no --with-x=no --prefix=/packages/R-3.4.4 
 F77=gfortran
 make
 make install

Answer 1

我也遇到了这个问题，这里记录下解决方法。

关键是安装适当的 g++ 并配置它。

首先，安装 g++ Version >= 5 as https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux说：

使用 RStan 需要 g++ 4.9 及更高版本

我在这里安装 g++8（您可以根据需要更改版本）：

跑

$ sudo yum install centos-release-scl
$ sudo yum install devtoolset-8-gcc*

现在，您的操作系统中拥有替代 g++ 和默认 g++。

您可以启用此功能并检查版本：

$ scl enable devtoolset-8 bash
$ gcc --version
$ g++ --version

找到它的位置：

$ which g++
/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

接下来，您需要配置~/.R/Makevars，使用vim（或其他编辑器）将以下内容放入其中：

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

或者使用 R 命令：

dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC",
    "CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++", # or clang++ but you may need a version postfix
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

注意：这些 R 命令是从https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Configuring-C-Toolchain-for-Linux复制的，但 CXX14 标志是根据上面的位置修改的。

现在，您现在可以安装rstan软件包：

install.packages("rstan")

希望这可以帮助。

PS：R 用户可以使用这种方法以类似的方式修改编译器标志。