Makefile不能使用`conda activate`

Question

为了运行一些python脚本，我需要在我的makefile中激活一个conda环境，但是，每当我尝试运行时conda activate env_name，都会收到以下消息：

CommandNotFoundError：您的外壳尚未正确配置为使用“ conda activate”。如果您的外壳是Bash或Bourne变体，请使用以下命令为当前用户启用conda

$ echo ". /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bash_profile

或（对于所有用户）启用conda

$ sudo ln -s /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

上面的选项将永久启用'conda'命令，但不会将conda的基础（根）环境放在PATH上。为此，运行

$ conda activate

在您的终端中，或将基本环境永久放在PATH上，请运行

$ echo "conda activate" >> ~/.bash_profile

在conda 4.4之前，建议的激活conda的方法是修改〜/ .bash_profile文件中的PATH。您应该手动删除看起来像这样的行

export PATH="/Users/MY_USERNAME/anaconda3/bin:$PATH"

^^^上面的行应该不再位于〜/ .bash_profile文件中！^^^

我尝试通过SHELL := /bin/zsh在顶部添加来更改makefile的外壳，但这不能解决问题。另外，我需要此makefile才能使用计算机的默认外壳程序运行（我的一些队友使用zsh，其他人使用bash）。似乎无论我做什么，我都无法conda activate在makefile中工作。

我该怎么做才能使其正常工作，或者这是不可能的？

Answer 1

.ONESHELL:您应该在脚本开头使用指令。这一切都在同一个 shell 中运行。

Answer 2

@Traveler的精彩解决方案。但请记住@Felipe Maza和@Tomasz Bartkowiak.ONESHELL:的建议，在食谱之前添加可以解决所有错误。

我使用Linux系统作为zsh我的shell，当前最新conda版本：4.12.0

因此，配方将是：

.ONESHELL:

SHELL = /bin/zsh
CONDA_ACTIVATE = source $$(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh ; conda activate ; conda activate

# Create conda env from env.yml and compile and install exact pip packages
conda-pip:
    conda env update --prune -f env.yml
    $(CONDA_ACTIVATE) <<env_name>>
    pip-compile requirements/req.in
    pip-sync requirements/req.txt

conda-pip执行以下操作：

1. 基于env.yml之前创建的conda环境创建。
2. <<env_name>>通过替换为 .conf 文件中设置的环境名称来激活 conda 环境env.yml。
3. 使用pip-compile和pip-sync编译并安装精确的 pip 包到 conda 环境。

注意：此后您仍然需要激活conda-pipconda 环境才能在终端中使用它，因为在单独的子 shell 中启动和结束。

您可以在此处查看更多信息pip-compile：pip-syncpip -tools

Answer 3

经过一番搜索后，我想出了将这种模式添加到我的Makefile中进行conda activate工作的方法。其他人可能会简化。

# Need to specify bash in order for conda activate to work.
SHELL=/bin/bash
# Note that the extra activate is needed to ensure that the activate floats env to the front of PATH
CONDA_ACTIVATE=source $$(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh ; conda activate ; conda activate

py3build:
    ($(CONDA_ACTIVATE) py3.6 ; python setup.py build )

Answer 4

conda activate除其他外，设置环境变量。但是，GNU Make在新生成的 shell 中调用配方的每一行。您需要conda activate在配方的每一行中调用。

更好的方法是让 makefile 执行此操作conda activate，然后在新激活的环境中重新运行自身，然后才构建目标。