使用anaconda环境运行qsub

Question

我有一个程序通常在Linux中的conda环境中运行,因为我使用它来管理我的库,并使用以下指令:

source activate my_environment
python hello_world.py

如何在与PBS一起使用的高级计算机中运行hello_world.py.说明解释为运行调整代码script.sh,如下所示,并使用qsub指令调用.

# script.sh
#!/bin/sh
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N job_example
#PBS -l select=24
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./programa_mpi

如何使用我的anaconda环境使用qsub运行hello_world.py？

Answer 1

在激活环境和运行脚本之前，您需要加载 Python 模块。

module load python3

cd $PBS_O_WORKDIR
source activate my_environment

mpiexec python hello_world.py

检查您所在机构有关其 Python 模块的文档。在我的机构，Anaconda 是 Python3 的环境模块，因此您可以按照我所示的方式加载它。