加速 R 中的稀疏矩阵乘法

Question

我正在尝试使用 R 中的 %*% 函数将矩阵（由少数 1 和大部分 O 组成）与向量相乘，此过程需要大量时间。有什么办法可以让它更快吗？

谢谢

Answer 1

您可以使用 Matrix 包创建稀疏矩阵。在这种情况下，矩阵/向量乘法可能会更快。例如：

library(Matrix)
library(tictoc)
set.seed(123)
v <- sample(1e4)
m  <- Matrix(sample(c(0, 1), length(v) ^ 2, T, c(.99, .01)),
         length(v), length(v), sparse = F)
sm <- Matrix(m, sparse = T)
tic("dense")
x <- m %*% v
toc()
#> dense: 0.094 sec elapsed
tic("sparse")
y <- sm %*% v
toc()
#> sparse: 0.006 sec elapsed