如何将 tibble 转换为稀疏矩阵

Question

考虑这个简单的小标题

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> data_frame(col1 = c(1,2,3), col2 = c(3,2,NA))\n# A tibble: 3 x 2\n   col1  col2\n  <dbl> <dbl>\n1     1     3\n2     2     2\n3     3    NA\n

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将其转换为稀疏矩阵的最有效方法是什么？\n我尝试了类似的方法

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> data_frame(col1 = c(1,2,3), col2 = c(3,2,NA)) %>% \n+   as(., \'sparseMatrix\')\nError in as(from, "CsparseMatrix") : \n  no method or default for coercing \xe2\x80\x9ctbl_df\xe2\x80\x9d to \xe2\x80\x9cCsparseMatrix\xe2\x80\x9d\n

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没有成功。按照建议尝试：

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y <- purrr::reduce(cbind2, map(df, \'Matrix\', sparse = TRUE))\n

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也不行。

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使用 tidyverse 有什么好主意吗？\n谢谢！

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Answer 1

这只是上面链接的帖子的赏金答案lapply的翻译，从 base /Reduce到purrrs map/ reduce。之前的答案使用了：

Reduce(cbind2, lapply(x[,-1], Matrix, sparse = TRUE))

其工作原理的一部分是数据框在技术上是列表，因此您可以使用它map来迭代数据框的列。这会产生两个稀疏矩阵，每一列一个：

Reduce(cbind2, lapply(x[,-1], Matrix, sparse = TRUE))

如果然后用 减少它cbind2，就会得到一个稀疏矩阵。

library(dplyr)
library(purrr)

df <- data_frame(col1 = c(1,2,3), col2 = c(3,2,NA))

map(df, Matrix::Matrix, sparse = T)
#> $col1
#> 3 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>       
#> [1,] 1
#> [2,] 2
#> [3,] 3
#> 
#> $col2
#> 3 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>        
#> [1,]  3
#> [2,]  2
#> [3,] NA

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