Snakemake + docker示例，如何使用卷

Question

让我们有一个简单的蛇文件

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

我想归纳出绘图规则，以便它可以在docker容器中运行，

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

如果我了解得很好，当我运行时，我会在docker容器中snakemake --use-singularity获得该somecommand运行，如果不对容器进行一些卷配置，则无法找到输入的csv文件。

您能否提供一个小的工作示例，说明如何在Snakefile或其他Snakemake文件中配置卷？

Answer 1

当您运行 Snakemake 并告诉它使用奇点图像时，您可以执行以下操作：

snakemake --use-singularity

您还可以向奇点传递其他参数，包括绑定点，如下所示：

snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /path/outside/container/:/path/inside/container/"

现在，如果您的 csv 文件位于 中/path/outside/container/，则可以通过某些命令查看它，不会出现问题。

请记住，如果您的内部和外部路径不相同，您将需要在您的 Snakemake 规则中的不同部分使用这两个路径。我就是这样做的：

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    params:
        i = "inside/container/input/{dataset}.csv",
        o = "inside/container/output/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {params.i} {params.o}"

当您运行此蛇文件时，绑定raw/到inside/container/input/，并绑定plots/到inside/container/output/. Snakemake 将在本地计算机上查找输入/输出文件，但会给容器提供使用容器内部路径运行的命令，一切都会很棒。

TL;DR：输入和输出中的本地路径，params 和 shell 中的容器路径。在命令行调用中绑定本地和容器路径。