在R中,如何定义模型对比以比较两个相对于常见控件的条件？

Question

我一直在使用Limma包中的makeContrasts函数来创建对比,我理解如何进行简单的对比,例如将每个治疗与控件独立比较或比较两种治疗方法:

makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
              C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
              levels = c("Control", "A", "B", "C"))

          Contrasts
Levels      A_vs_Ctrl  B_vs_Ctrl  C_vs_Ctrl  A_vs_B
  Control        -1        -1        -1        0
  A               1         0         0        1
  B               0         1         0       -1
  C               0         0         1        0

我的问题是,当每种治疗方法被认为是相对于对照时,如何对两种治疗方法之间的对比进行编码？例如,我想确定何时A_vs_Ctrl和之间存在差异B_vs_Ctrl; 这个想法是,这将表明治疗A和治疗何时以不同的方式而不是以相同的方式B与Control病症不同.我对此的尝试如下,但我不认为这是正确的,我无法理解如何在对比中正确编码这个假设.

makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))

 Contrasts
Levels    AvsCtrl_VS_BvsCtrl
  Control                0.0
  A                      0.5
  B                     -0.5
  C                      0.0

Answer 1

你问的是A的效果与B的效果是否不同，即AC = BC。但这与询问是否 A = B 相同。我认为您的 A_vs_B 对比已经回答了您的问题。