尽管输出文件已存在，Snakemake 仍想运行作业

Question

我有一个工作流，首先从公共数据库下载文件，然后在后续步骤中处理这些文件以创建多个聚合数据表。

我正在没有互联网连接的机器上测试工作流程。我在另一台机器上运行了初步数据下载步骤并将它们复制到这台机器上，现在我正在尝试运行其余的工作流程。当我运行snakemake -np它时，它报告所有数据下载作业仍然需要完成，即使目标文件已经存在。我什至ancient()在后续处理规则中标记了这些文件，但这无济于事。

我怎样才能让 Snakemake 相信这些作业不需要重新运行？

Answer 1

Flag--reason 打印每个执行规则的原因。