如何在Rstudio服务器上使用Anaconda环境？

Question

对于我的数据科学项目，我conda经常跟踪所有已安装的软件包。

> conda create -n my_project R=3.4.1 r-tidyverse
> conda activate my_project
> which R 
/storage/apps/anaconda3/envs/my_project/bin/R
> R --version
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"

我如何在其中使用anaconda R rstudio-server？我知道rsession-which-r配置选项，但是那样我无法轻松地在环境之间切换。

Answer 1

我创建了一个GitHub存储库，其中包含两个脚本，这些脚本允许您从conda env内以非守护模式启动Rstudio服务器：rstudio-server-conda。

怎么运行的：

您可以jupyter notebook在anaconda环境中以非守护模式（类似于）启动rstudio-server 。

> conda activate my_project
> /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver \
   --server-daemonize=0 \
   --www-port 8787 \
   --rsession-which-r=$(which R) \
   --rsession-ld-library-path=$CONDA_PREFIX/lib

为了避免库路径的其他问题，还rsession需要在conda环境中运行。这可以通过将rsession包装到rsession.sh脚本中来实现。包装的rsession可执行文件的路径可以作为命令行参数传递给rserver。

rserver # ...
    --rsession-path=rsession.sh

最后，当使用多个用户时secret-cookie-key，必须为每个用户生成唯一的。可以将秘密Cookie密钥的路径作为命令行参数传递到rserver。

uuid > /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key
rserver # ...
   --secure-cookie-key-file /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key