读入复杂数组中的.xrdml数据

Question

我正在尝试读取几个".xrdml"类型的文件,并将它们组合成一个带有直观标签的数据框.问题是此文件类型具有大的元数据.

我尝试了以下内容

必需的包

library(rxylib)

我试过的事情

temp = list.files(pattern="*.xrdml")
xyz<-do.call(rbind,sapply(temp, read_xyData,verbose = TRUE,metaData = FALSE))

我最终得到了一个列表,我可以使用例如调用列表中的每个成员 xyz[[2]]

          2Theta    V2
   [1,]  4.006565  3496
   [2,]  4.019695  3417
   [3,]  4.032826  3520
   [4,]  4.045956  3516
   [5,]  4.059086  3480
   [6,]  4.072217  3343
   [7,]  4.085347  3466
   [8,]  4.098477  3552
   [9,]  4.111607  3425
  [10,]  4.124738  3384

如果我尝试使用unlist函数展平列表,那么结果就会变得混乱

我想要做的是读入所有文件并按列组合,每个文件都有第一列共同点,即2Theta.我还想使用每个文件标题的唯一部分来标记V2

我的文件有的标题像"BBHD-FASS_4-70_step01_40s_ LM 11_5 .xrdml".我希望最终能做的是拥有一个类似于下面示例的数据帧

2Theta   LM 6-26  LM 6-27  LM 6-28 LM 4-10 LM 4-11 LM 4-12
4.006565    3576    3535    3677    3576    3535    3677
4.019695    3526    3552    3662    3526    3552    3662
4.032826    3584    3581    3657    3584    3581    3657
4.045956    3489    3535    3539    3489    3535    3539
4.059086    3496    3507    3525    3496    3507    3525
4.072217    3335    3466    3628    3335    3466    3628
4.085347    3353    3456    3444    3353    3456    3444
4.098477    3430    3479    3588    3430    3479    3588
4.111607    3334    3547    3535    3334    3547    3535
4.124738    3424    3342    3439    3424    3342    3439
4.137868    3349    3384    3459    3349    3384    3459
4.150998    3318    3395    3413    3318    3395    3413
4.164129    3208    3490    3457    3208    3490    3457
4.177259    3357    3295    3519    3357    3295    3519
4.190389    3254    3372    3450    3254    3372    3450

以下是我的文件示例文件的示例

可悲的是,我已经花了很多时间尝试了几件不起作用的事情.

我将非常感谢任何有关如何解决此问题的帮助或指导.

Answer 1

要获取数据，您需要在 返回的数据列表中找到正确的位置read_xyData。您可以通过查看str(lst)下面的内容来做到这一点。要获取数据，请使用...$dataset[[1]]$data_block. （包里可能有提取器功能，但我没有检查过）

# download data : link dead
#download.file("https://ucc93bf0aa50821e11b95c9530f5.dl.dropboxusercontent.com/zip_by_token_key?_download_id=9101556320431172280658295109635067362614982268430911643523348&_notify_domain=www.dropbox.com&dl=1&key=AV5mxk0trnetzASlH9_xJijTiGE55mUz0qa-x7JveZ7-Rdp3Z8i7GmwwQoWj8tUO14RKj51huhb5CuBdoxAC3WLuHvOMr7_bul691AmGpmwZgWWy0STezjFRnq0CVUR-iHNnZUHk9-t-i72nYODDpjXvo0PBhWTXwJuNWCSL4bnAauZREQtZwzNlspMF8PwZ37E9enf1WUUakLJwE43GbV2lAkuOTDghfcMmwokulIMEGA", destfile=temp<-tempfile())
unzip(temp, exdir=xdir<-tempdir())  

nms <- list.files(xdir, pattern="xrdml", full.names=TRUE)
# grab the names to names columns later
cnms <- gsub(".*(LM \\w+).*$", "\\1", basename(nms))


library(rxylib)

# loop through files to read in
lst <- lapply(nms, read_xyData, verbose = TRUE, metaData = FALSE)

# grab the data
dats <- lapply(lst, function(x) x$dataset[[1]]$data_block)

# rename second column
dats <- lapply(seq_along(dats), function(x) {
                          colnames(dats[[x]])[2] <- cnms[x] ; dats[[x]]})

# merge
alldat <- Reduce(function(...) merge(..., by="2Theta"), dats)