通过蛇形规则限制作业数量

Question

是否可以通过蛇形规则中的特定规则来限制要运行的作业数量？--jobs全局控制一次允许运行多少个作业，但是我想通过特定规则进行限制。

这是因为，我有一个特定的规则，该规则最多可以同时用于两个作业。但是，如果我设置--jobs为20，则会导致该特定规则中的工具崩溃。我在LSF群集中使用snakemake v5.2.0。

Answer 1

你可能会使用资源。

在规则中定义它们

rule only_two:
    ...
    resources:
        load=50
    ...

然后在snakemake一定的资源限制下运行。

snakemake --resources load=100

它应该只运行两个 rule 实例only_two。

所有其他规则的load值可能等于或小于 1，您可以同时运行 100 个或更多规则。