在 reticulate::use_condaenv(path) 之后无法弄清楚如何使用 conda 环境

Question

我使用终端创建了一个 conda 环境：

conda create --name pathfinder_example_proj_env python=3.6 feather-format=0.4.0 statsmodels=0.9.0

我还创建了一个简单的 python 脚本

import feather
import pandas as pd
import statsmodels.api as sm

print("Done")

在 R 笔记本中，我现在想从我之前创建的 conda 环境中运行该脚本。

我试过：

reticulate::use_condaenv("pathfinder_example_proj_env", required = TRUE)
reticulate::source_python("../python/python_model.py")

但我收到以下错误：

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ImportError: No module named feather

当我检查正在使用的 python reticulate 版本时，我得到：

reticulate::py_config()

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.10 (default, Oct  6 2017, 22:29:07)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 9.0.0 (clang-900.0.31)]
numpy:          /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy
numpy_version:  1.8.0

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/bin/python
 /Users/bradcannell/.virtualenvs/bradcannell-_MDC9FPE/bin/python

我使用 py_discover_config() 检查了可用版本

reticulate::py_discover_config()

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.10 (default, Oct  6 2017, 22:29:07)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 9.0.0 (clang-900.0.31)]
numpy:          /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy
numpy_version:  1.8.0

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/bin/python
 /Users/bradcannell/.virtualenvs/bradcannell-_MDC9FPE/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/envs/pathfinder_example_proj_env/bin/python

如您所见，虚拟环境已列出。我只是不确定如何使用它。

我已经阅读了网状网站上的所有文章：https :
//rstudio.github.io/reticulate/index.html

我还在 Github 上找到了几个线程：
https : //github.com/rstudio/reticulate/issues/1
https://github.com/rstudio/reticulate/issues/292

Answer 1

这对我有用；

library(reticulate)

myenvs=conda_list()

envname=myenvs$name[2]
use_condaenv(envname, required = TRUE)
# or
use_condaenv("r-miniconda", required = TRUE)

有时需要重新启动 r 会话。

Answer 2

我在这里找到了解决方案：https://community.rstudio.com/t/reticulate-source-python-and-exec-problems/7386/6

安装 reticulate 的开发版本 (devtools::install_github("rstudio/reticulate") 后，reticulate 按预期使用 conda 环境。

保留这篇文章以防其他人遇到这个问题。